日本南北狭长，雨量充沛，适宜多种果树生长。栽培的果树多达33种，其中主要果树18种，包括蜜柑、夏柑、苹果、葡萄、脐橙、梨、桃、樱桃、乌梅、板栗、枇杷、柿、猕猴桃及菠萝等。此外还有作为特产果树栽培的杏、柠檬、柚子、无花果、核桃等15种。近年来，由于受农业人口、日本经济及世界贸易大环境等的影响，主要果树的面积及产量在有序减少，而特产果树稳中有升，品种结构及栽培方式在不断调整与改善。
日本的传统栽培方式与我国果树栽培管理方式相似。如秋施基肥，早春、果实膨大期及花芽分化期，追施尿素等化学肥料，在生长季节使用化学农药来防治病虫害，从早春萌芽前开始到果实成熟采收，施用化学农药的次数高达8～12次。为了提高果实品质，也采取春季疏花疏果、果实套袋，成熟前对着色品种摘叶转果、铺设反光膜等措施。整形修剪技术与我国也基本相似。
这种传统的果树栽培方式由于大量使用了化学农药和化学肥料，不仅降低了果品品质，而且造成了环境污染。因此，随着有机农业的提倡与普及，这种传统的栽培方式已受到挑战，日本出现了许多从事有机栽培的农家。
※土壤管理技术
在日本，有机栽培也叫有机农法(自然农法)。有机农法的土壤管理技术是建立在物质循环基础上的。有机栽培技术中土壤管理的基本原理是，充分发挥土地的活力，提高土地自身的机能，以改善土壤的物理性状，利于根的旺盛生长，防止病虫害侵入。土壤管理的基本技术是：在不破坏土壤结构的前提条件下，疏松改良土壤，增加土壤有机质含量，创造正常的物质循环系统和生物生态系统，保证果树健康生长发育，提高产量与品质。
※生草栽培
即在果树的行间种植杂草或牧草，树盘覆盖稻草，以增加生物的多样性，减少蒸发，保护天敌，培肥土壤，防治病虫杂草等。日本的许多果园普遍种植一种叫红三叶的苜蓿，此外还有白三叶、草木樨、禾本科绿草等。当草生长到30厘米以上时留5厘米左右刈割。割草时，先保留周边1米不割，给昆虫(天敌)保留一定的生活空间，等内部草长出后，再将周边杂草割除，割下的草直接覆盖在树盘周围的地面上。这样，可以减少对土壤结构和微生物环境的破坏，减少水土流失，降低物质投入。
※土壤施肥与EM技术
现代农业多提出使用有机肥，尤其是发酵肥料和腐熟的农家肥。日本琉球大学的比嘉照夫教授经过多年的研究，从土壤中发现并分离了大量的有益微生物，开发研制出了系列EM(Effective Microorganisms)产品，在日本及世界许多国家推广应用。EM实际上是一群来源于自然的微生物，包括乳酸菌、酵母菌、光合细菌、放线菌等10属80种以上的微生物。向土壤中加入EM，可使土壤机能得到强化，增加有机营养；同时伴随着土壤微生物的增加，可使硬土层分解，土壤肥力状况得到改善，达到持续生产的目的。
在日本，有机栽培的农家常采用EM发酵有机肥料，原料是：米糠40公斤、菜子饼15公斤、鱼粉15公斤、稻秆、豆腐渣、酒糟、木炭灰、氟石等适量，然后加入EM-I的100倍稀释液18～20升，在常温下，厌氧发酵约30天，制成EM波卡西。也可以利用EM发酵农家肥和秸秆及所有的生活垃圾等，并与秋季采果后落叶前配合等量的贝化石挖坑施入。另外，在5、6、7月用EM粉剂及EM活性液作土壤表层施入和表面喷洒。
最初EM通常作土壤改良剂用。日本经过多年实践发现，葡萄使用EM稀释液后，叶色浓绿、叶肉变厚，枝条节间变短，果实提前5天成熟，口感好，产量增加20％，优果率增加10%。
※病虫害防治技术
病虫害防治一直是有机栽培的重要课题之一，尽管化学农药能快速高效地控制病虫发生与为害，但负面效应巨大。因此，减少农药，尤其是剧毒农药的使用，是生产有机果品的关键。有机栽培是通过有机的、生物的、物理的手段来控制病虫害的发生与蔓延。全日本现有900多组、2万多热衷于有机栽培的农家在从事无农药或少农药的果树栽培，取得了和传统农业相匹敌的效果。具体作法是：
1、选择抗病品种，使用EM有机肥、合理负载、合理修剪、增强树体的自身抗逆能力。在使用EM的同时，接种VA菌根真菌来增加土壤根际微生物，促进果树生长发育，提高抗病性。
2、病虫枝条、病果、病叶等集中深埋或烧毁，冬季刮除老翘皮，萌芽前用高压喷水枪对树干、大小枝条进行冲洗、消毒，以减少初侵染源。
3、搭设防雨棚。日本由于年降水量高达1000mm以上，病害种类很多，防治难度较大。为了阻隔雨水，有机栽培的农家常搭设四边透风的塑料大棚，使果树不直接接触雨水，可有效降低园内湿度，抑制病害繁殖。
4、生长季节使用EM波卡西系列喷洒树冠。据山梨县胜沼町的高野武治在葡萄园的试验，每年4月、6月、7月及11月，分别利用EM I型、Ⅱ型活性液加木酢液，对树冠全面喷洒，可有效抑制霜霉病、黑痘病、白粉病以及蚜虫、螨类的发生与蔓延，产量比平常增加20%，优果率上升10%，显著减少了农药的使用量。
5、利用性引诱剂扰乱昆虫的交配信息、减少繁衍。日本许多果园的树上都挂着一段段长20～750px的红绳子，这是一种昆虫信息素引诱剂。利用复合性性激素，扰乱昆虫之间的交尾信息，减少2代昆虫的虫口密度。这种性信息素的效果可持续4个月以上。
6、利用机能水和汉方药。所谓的“机能水”，就是用电解水生成器生产一种高碱或高酸的水，对人畜无害。强酸性水的pH值可达2.5～2.7，强碱性水的pH可达11.3～11.7，一般每周喷洒1次，具有很强的抗菌防病作用。
目前，日本“汉方药”制剂的防病技术研究和应用颇受关注。实际上就是利用中草药配置的一种植物源生物农药，如将黄柏、陈皮、甘草、薄荷、大蒜、辣椒、木酢液、黄连等按一定的比例直接加工后使用，具有很强的刺激气味。通常用强酸性机能水加中草药来喷洒植株，待叶面干燥后再喷碱性机能水，对防治果树轮纹病、黑星病、蔬菜白粉病、晚疫病及常见虫害有很好的效果。另外，日本近两年开始推广无害波尔多液，用人体必需的有机铜及钙生产而成，对人畜无害。据山梨县部分果农在桃及葡萄上试验，防病效果显著。
7、利用天敌。由于有机栽培中农药使用量大大减少，再加上地面生草栽培，给许多益虫提供了良好的栖息环境，从而有效抑制了害虫的发生。
8、防虫网和黏着剂。日本的一些葡萄园、苹果园，全部被纱网罩住。防虫网的设置，可阻止外来害虫进入，同时也不影响通风透光。对于蚜虫、白粉虱，常采用防虫网或黏着剂防治。将含有黏着剂、农药的黄带子悬挂在温室或果园内的一定高度上，蚜虫接触后便会被黏着并很快死亡。
9、配合少量农药。从事有机栽培的果园一般来说病虫害发生较轻，当出现突发性病虫害时也使用少量的符合JAS法(日本的有机产品认证法规)的农药。
现在日本各地已确定了利用天敌、性引诱剂防治病虫害，尤其确定了苹果树腐烂病、果树炭疽病、螨类、蝽象等主要病虫害的综合防治对策，并成功地用于生产实践。如长野果树研究所的许多上世纪60年代初栽植的苹果树，现在仍生长茂盛，很大程度上得益于对病虫害的合理控制及良好的管理技术。
