同时对密云水库上游的水质要求也比较严格，沿途人们不能往河中扔垃圾，生活污水不能排放到河流中，一些大型养殖场也要避开上游河流两岸，目的就是保证水质安全，不被污染。
然而另一方面，水中生活着许多浮游生物，其中包括各种藻类，藻类能够通过光合作用吸收二氧化碳，释放氧气。
但是另一方面，藻类大量增殖后会漂浮在水体表面，尤其是蓝藻，它们有伪空泡器官，会漂浮在水体表面，遮挡阳光，阻止其他藻类繁殖和光合作用，使得蓝藻成为优势物种。这也会进一步导致水中溶解氧减少，造成水生生物大量死亡。
蓝藻在磷充足的环境下时，就会出现疯长的趋势。而我国是农业大国，农业所使用的磷肥会顺着降水流入到河流中，再通过河流进入水库。一旦没有控制住蓝藻的增殖，在短短几天内就会在水面形成一层绿色的粘稠物质。
当蓝藻逐渐老化和死亡之后，它们又会沉积到池塘底部，能量仍旧留在了池塘中，经过微生物发酵之后，水体就会发臭，恶化，消耗水体中的氧气，造成鱼虾大量死亡。
死亡的蓝藻还会产生大量的蓝藻毒素，幸存的鱼虾也会在这种环境下死亡。此时的池塘、湖泊等就会明显表现出“臭水沟”的特性，闻起来非常腥臭，鱼虾都难以生存。这样的水，别说是喝了，就连闻到都觉得恶心。
比如：2019年湖北安陆一水库爆发蓝藻，导致了居民家里的水变绿，这种水闻起来就有股腥臭味。
