咸丰帝遗章
为了辅佐幼帝，咸丰安排了肃顺、端华等人作为“顾命大臣”。而为了防止皇权旁落，他又安排了慈安和慈禧分别持有自己的两枚私章“御赏”和“同道堂”，明确要求朝中的重大事务必须由两宫太后签章后方能颁布。
表面看起来，咸丰皇帝的安排还算合理，太后和朝臣之间可以相互制约，共同拱卫皇权。实际上，由于这些顾命大臣的权力太大，他们丝毫不将两宫太后放在眼里，很快就原形毕露。据《清史稿》记载:
声震殿陛，天子惊怖，至于啼泣，遗溺后衣。
为了扭转这种被动的局面，两宫太后决心联合发动政变以铲除辅政的顾命大臣集团。不过，她们经过仔细盘算后，发现自己根本没有足够的实力，完全没有胜算可言。
在此背景下，慈禧将目标选定为同样被顾命大臣视为“眼中钉”的恭亲王奕訢。经过暗中的接触，慈禧太后和恭亲王终于结成政治同盟，共同对付顾命大臣集团。
两宫太后
慈禧在陪同新帝返回紫禁城后，立即在恭亲王的支持下完成新帝的登基，并将原先拟定的年号“祺祥”改为“同治”。接着，顾命大臣载垣和端华被下旨赐死，肃顺被处决 ，其余诸人也纷纷革职流放，史称“辛酉政变”。
在这场政变中，顾命大臣们最大的败笔，就是允许新帝和两宫太后脱离自己的视线先行返回北京，而把主要精力用在陪同咸丰帝的棺椁返京上。这次疏忽，直接导致他们错失了先机。
通过辛酉政变，慈禧太后彻底攫取了大清朝的军政大权，开始进行垂帘听政。而作为此次政变的积极参与者，恭亲王奕訢也被加封为议政王，担任军机处魁首并直接总理各国事务衙门，全权负责大清的一系列内政和外交事务。
1864年，清军终于攻陷天京，基本剿灭了持续十余年的太平天国运动。虽然，曾国藩、李鸿章等汉臣对此居功至伟，但作为议政王的奕訢居中运筹帷幄，同样功不可没，被颂为是定乱绥邦的一代贤王，逐渐声名鹊起。
伴随着自己地位的提升，恭亲王奕訢也或有意或无意地表现出一些情绪和态度的转变。他对于慈禧太后的强势干政日益反感，因为大清的祖制历来都是后宫不得干政，此举终于导致了慈禧太后的不满和猜忌。在慈禧看来，掌控权力才是最重要的，纵容现今的奕訢专权和纵容之前的顾命大臣专权，本质上没有任何区别。
1865年，在慈禧太后的支持下，翰林院编修蔡寿祺等人上疏弹劾奕訢揽权纳贿和徇私骄盈。虽然，很多罪状都是一些猜测和怀疑，但是《清史稿》记载:
奏折一上，两宫震怒，诸臣惶惶。
慈禧太后以此为借口，下令进行严查。深谙政治之道的恭亲王，自然知道这是慈禧太后在对自己施压，于是立即服软并主动上疏请罪。不过，慈禧太后还是在短短七日后，就免去了奕訢的议政王头衔和其他的一切职务。
宗亲贵族和朝中大臣们，纷纷都上疏为恭亲王求情。甚至于，连慈安太后都认为罢免奕訢颇有“莫须有”的意味。但是，慈禧太后却毅然顶住了重重压力，坚决不同意奕訢复职。
由于恭亲王长期负责满清的对外事务，逐渐赢得了各国势力的支持。奕訢被免职后，各国的公使团纷纷赶到总理衙门，联合向清政府施压并提出严正抗议，要求重新起用奕訢负责相关的事宜。
迫于外部压力，慈禧才最终做出妥协，同意恭亲王复职，但却没有再授予他议政王的头衔。通过此次罢职事件，慈禧不仅达到了敲打恭亲王的目的，也向满朝文武宣示了自己的主权。
1868年，慈禧身边最被宠信的太监安德海，在山东境内以办差为名，耀武扬威地收敛聚财，被山东巡抚丁宝桢予以扣押并立即上折请示军机处进行严惩。
奕訢借此机会，不仅集结了朝臣的力量，还大肆宣传，而且争取到了慈安太后的支持，最终下令在山东就地处决安德海，以儆效尤。此事，虽然慈禧太后没有出面袒护，但却更进一步加剧了她与恭亲王之间的紧张局势。
1874年，就在同治帝即将亲政前，朝中有人为了迎合慈禧太后，奏请大肆修葺当年被英法联军焚毁的圆明园。因为慈禧素来喜好奢华，此举正中她的下怀。于是，慈禧将此事交付给朝臣进行廷议，但以奕訢为首的军机处却明确表示反对，以“耗费国帑”为由坚决予以驳回，又一次直接引发了与慈禧太后的一场正面交锋。
结果，同治帝降旨问罪，以“语言失仪”为名革去奕訢的亲王之职，降为了郡王。满朝大臣纷纷称病请辞，表面是在抗议同治帝，实则却是在对慈禧施压。这种情形持续了大概半年之久，慈禧才勉强同意恢复奕訢的爵位和职务。
1881年，唯一能制约慈禧太后的慈安太后过世，慈禧开始一人独掌政权。而在反复的浮沉中，恭亲王奕訢也已经丧失了之前的锐气，遇事开始多议少决，尽力避免与慈禧的矛盾。不过，慈禧太后依然对他心存顾虑。
中法战争
1884年，慈禧终于找到了击垮奕訢的机会。在中法战争中，以奕訢为首的军机处采取了避战求和的策略，导致御史们联名弹劾其因循委靡导致国家贻误战机。利用军事上的暂时失利，慈禧太后趁机免去了奕訢的一切职务，并将其嫡系宝鋆、李鸿藻和景廉等人，一同逐出了军机处和总理各国事务衙门，史称“甲申易枢”。
从雍正帝建立军机处算起，还没有过“统统罢黜”军机大臣的先例。可见，慈禧太后通过这次洗牌铲除恭亲王的决心有多么坚决。
恭亲王倒台后，慈禧选择了醇亲王奕譞来替代他。奕譞是道光皇帝的第七子，是恭亲王奕訢的弟弟，还是当今光绪帝的生父。还有一点，奕譞的嫡福晋是慈禧太后的胞妹，他也就是慈禧太后的妹夫。
选择奕譞取代奕訢，除了以上的原因外，还有最重要的一点，那就是奕譞能力一般，没有政治野心，不会对慈禧太后造成威胁。他对于慈禧太后完全就是唯命是从，将讨好慈禧太后作为自己飞黄腾达的唯一途径。
所以，“甲申易枢”作为一次标志性的事件，此后慈禧的权势达到了巅峰，完全确立了她的专权统治地位，军机处再也无法对她构成任何限制。
1895年，慈禧在面临一系列的内忧外患之下，只得又一次起用恭亲王，继续总理各国事务衙门。据《清史稿》记载:
二十年，日本侵朝鲜。兵事急，太后召王入见，复起王管理总理各国事务衙门，并总理海军，会同办理军务，内廷行走。
但是，已经六十多岁的恭亲王，在连遭政治磨难和儿女早殇后，已经不复往日之勇。被重新起用后，恭亲王的地位和权势始终受到多方的制约，在甲午战争中几无建树。
甲午战败后，在康、梁掀起的维新变法运动中，一向主张开明的恭亲王也一改往日的激进之举，转而多以老成谋国之言为主。据《戊戌变法记》记载，恭亲王多次提醒光绪帝:
变法当慎重, 不可轻信小人言。
权力之争
1898年，恭亲王奕訢病逝。至此，他和慈禧太后在晚清政治舞台上，复杂的权力斗争也终于结束。在这场权力之争中，无论是慈禧还是恭亲王，都不是赢家。
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