体制内的单位，分为行政部门和事业单位两种。而事业单位分类改革，又将事业单位分为行政类、公益类和生产经营类。机构改革中，单位性质发生变化，有以下三种情况：
1、行政单位改革成为事业单位：党政部门的职能，都是以行政审批、管理监督为主，其职能本来就是行政职能。随着社会发展，党政部门经过8轮改革，基本上已经非常完善，职能划分也十分清楚，行政部门改革成为事业单位的情况，几乎不存在这种可能性。再加上市县两级，不允许成立事业局，进一步封死了行政部门设立为事业单位的可能。
2、事业单位改革成为行政部门：有三种情形：一种是事业单位分类改革中，将承担行政职能的事业单位改革为行政部门，或者将其承担的行政职能，划归相应的行政机关承担，此次改革中社保局、就业局、畜牧局等都属于这种情况；另一种是市县受机构限额设置，将行政部门设置为事业单位的，比如一些中小县区将信访局、机关事务管理局、国资局等设置为事业单位；最后一种情况是机构改革中新组建成立行政部门的，比如将农合办、医保中心等职能整合，成立医疗保障局，为行政部门。
这三类情况，不管是将职能划转到行政机关，或者成立单独的行政部门，或者成立挂牌、内设、合署办公机构，其性质都是由事业单位变成了行政部门或者行政部门的组成部分。按照“编随事走、人随编走”的原则，原承担行政职能的人员，连人带编随职能转化。在此次机构改革实践中，由于行政编制无法随改革随意增加，因此多地只是将部分原已经登记为参公人员的，在改革过程中随职能连人带编划转到相应的行政机构，事业人员保留或者划转到相应的机关下属事业单位。
3、事业单位改革成为企业。公益二类事业单位剥离公益服务职能，和生产经营类事业单位一样改制为企业，实行管办分离、事企分开，今后不再成立承担生产经营职能的事业单位。此类事业单位改企，原组织任命的管理人员重新调任，到其他事业单位任职或者享受原职级待遇。分配或者招录的一般工作人员同样随职能分流到其他事业单位就业，合同制管理人员随企改制，到新的企业就业，或者领取经济补偿后自主择业。距退休年龄不足5年的职工，可以提前申请退休，交由社保部门保障。
此次机构改革中，由于事业单位将行政职能剥离，事业单位没有了参公的依据，影响最大的就是原已经参公的人员。除部分可以划转到行政机关外，大多数参公人员只能保留身份和待遇，以待进一步改革。事业单位中，除行政执法有可能继续参公外，其他单位不再参公。其他影响较大的就是合同制管理人员，包括人事代理、合同工、临时工、劳务派遣工等，要么自主择业，要么随企改制，要么由人事部门重新签订劳动合同，统一分配使用，或者指定劳务派遣公司统一派遣。
