在此后的十多年，长江干流的捕捞强度有增无减，渔民误捕幼豚的现象时有发生，非法电鱼行为更是后患无穷。在1990年，长江流域的白鱀豚总数已经不到200头，在当年12头已死亡的白鱀豚中，有5头的死因都和非法电鱼有关。
2000年以来，电鱼现象在白鱀豚的自然分布区内屡禁不止，渔用滚钩或其他渔具致死的比例也达到了50%左右。可以确定，不合理的捕捞方式是促使白鱀豚意外死亡的主要因素。
此外，日益繁忙的长江航运、水利工程的修建、水质污染、河道采砂也带来了不利的影响。多种因素共同作用，导致长江生态环境持续恶化，最终将白鱀豚推入了濒危的困局。
仅仅10多年，白鱀豚的种群数量就减少了75%，民间的关注度也与日剧增，专项调查变得频繁起来。
1997年11月，我国渔业部门对白鱀豚展开专项搜索，调动了52艘考察船，在沿江组织起300多人的庞大队伍，统一培训后分成22个考察组，每一组负责巡视50~100km的江段或湖段。
从宜昌到长江口，1700多公里的江段被全面覆盖，一天内可完成至少一次的单向考察，时间持续七天。这次的搜索计划严密而细致，但最终的结果却不尽人意：只发现了13头白鱀豚。
这一数量是什么概念？这意味着白鱀豚已经难以维持正常的繁殖能力。白鱀豚繁殖周期长，雄兽4龄才达到性成熟，雌兽则为6龄，平均每2年才繁殖一次，每胎只产一仔。在30年的平均寿命内，两头亲豚最多繁殖12~13头幼豚，再考虑到死亡率和可育年龄，种群恢复将更加困难。
在1998~1999年，同样的调查未曾中断，但白鱀豚的数量始终不见起色，分别仅监测到4头和5头。由此可以判断：在90年代末期的时候，白鱀豚的分布范围已经大幅减少，仅零星存在极少的江段中，灭绝危机开始显现。
果不其然，在2006年11月，为期38天的长江淡水豚调查展开，中美英等7国考察队联合协作，但并未观察到白鱀豚的踪迹。2007年，白鱀豚被宣告“功能性灭绝”，在长江中生活了2500多万年的“活化石”从此绝迹。
既然白鱀豚极为珍贵，那为何不展开人工繁育呢？
事实上，我国确实也是这样做的。我国科学家在白鱀豚的保护方面做出了杰出贡献，以陈佩薰为代表的学者提出了三大对策：除了就地保护、异地保护外，第三项就是加强人工繁殖的研究。
