2007年4月12日至2008年5月19日，陈明通又被借调担任台陆委会第八任主委。2008年岛内政党轮替后，陈明通返回台湾大学任教。2018再度回锅，陈明通也成为岛内两次担任陆委会主委职务的第一人。
陈明通自称1991年第一次到大陆，28年里走遍大江南北，亲眼看到了大陆翻天覆地的变化。
对于他的走马上任，有台湾媒体认为，他是可以在缓和两岸关系方面做一些事、对大陆释出善意的。然而，陈明通很快就暴露了真面目，开始采取一系列措施、变本加厉限缩两岸人员往来与交流。
2018年9月1日，大陆正式开放办理台湾居民居住证，台陆委会从大陆宣布这一消息起就不断横加指责，同时也不断恐吓有意办证的台湾民众。陆委会还积极推动修订“两岸人民关系条例”，限制领证台湾民众在岛内的各种权利。
2019年1月3日，陈明通罕见地亲自召开记者会，歪曲“九二共识”的内涵，妄称“九二无共识”。
2019年1月23日，陈明通到高雄拜会高雄市长韩国瑜，声称要取得民进党当局和高雄市的“战略协同”，但韩国瑜明确表示，拒绝民进党当局为高雄市设置框架。
韩国瑜率团前往香港、澳门、深圳、厦门等地拼经济，取得阶段性丰硕成果时，民进党当局上下却不断对他口诛笔伐，其中，陈明通更充当了“打韩急先锋”的角色。
2019年3月26日，台陆委会发表声明，称正研议修订“香港澳门关系条例”，对岛内县市长和政务人员赴港澳参访的申请流程和行为做出规范。随后，陈明通在接受广播节目专访时，冒出了一通“猪狗禽兽说”，引爆舆论。
“猪狗禽兽说”
台媒报道，陈明接受岛内广播节目采访，谈及韩国瑜赴港澳深厦拼经济，他称，有人为了一己之私，享受大陆给的优惠。人如果只求吃饱，那和“猪狗禽兽”有什么差别。
最后，陈明通不得不召开记者会，还两度鞠躬致歉。
2019年7月，民进党当局在2020大选前抛出“中共代理人法”和“反渗透法”，引发台湾社会强烈质疑和担忧，陈明通频频出面缓颊，却遭批：“再怎么装得好像小绵羊，大家还是觉得你是魔鬼。”
相较于张小月的黯淡无光、碌碌无为，陈明通这个陆委会主委就显得非常高调，而且言语暴冲。在《台湾新闻脸》嘉宾陈凤馨看来，陈明通是岛内很重要的研究两岸的学者之一；但很遗憾，他弹性地调整自己，去配合民进党的两岸政策。黎建南则更直白得多：“他可以跟随长官的观念走，但是当长官没有人情、没有人性、没有人品的时候，陈明通还是要有点读书人的良知”。
纵观蔡英文任内陆委会主委的人事更迭，无论是不谙两岸事务的张小月的不作为，还是“两岸通”陈明通在民进党当局两岸政策下的乱作为，彰显的都是蔡英文在处理两岸关系上的困境与矛盾。事实上，两岸关系要走稳走好，从来都只有一个良方，那就是“九二共识”。
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