长赣高铁江西段的难点在于萍乡和赣州的设站和接入方案，在萍乡有萍乡北站（与沪昆高铁并站）和萍乡西高铁站（新建），在赣州有赣州西站（与京港高铁并站）和赣州北站（新建），萍乡和赣州都希望并站，导致线路未稳，可研方案一直处于鉴修中，耽误了整个线路的开工时间。
长赣高铁赣州段，最初采取的是“左进右出”，与昌赣高铁在赣州西并站的方案。这样的方案有一个很大的好处，就是可以扩大赣州西站枢纽的规模。赣州西站曾因此计划打造12台24线的超大高铁站。然而，专家在经过多方论证后，认为这种方案不仅增加了线路成本，还将导致列车限速的问题，并不可取。最后只能决定，线路直线穿过赣州城区，并新设赣州北站。
长赣高铁萍乡段，与沪昆铁路形成“十”字形交叉，因而需要将两条线路联通起来。这也就产生了两种方案：一种是“左进右出”，与沪昆高铁萍乡北站并站；另一种则是直接上跨沪昆铁路，并新设萍乡西站。
并站的方案方便换乘，但也绕了很大一段路，极大增加了建设成本，降低了通行效率。新建西站的方案则与之相反。对这两种方案，湖南、江西、发改委、国铁集团各有想法，一直都未能统一意见。
