“黄河清，圣人生”观点的出现，最早可以追溯到西汉以前，在《拾遗记》一书中，就有“丹丘千年一烧，黄河千年一清，皆至圣之君以为大瑞”东汉时，史书开始记载黄河清现象，这有两种可能，一是将黄河清作为一种奇异现象，还有一种是作为祥瑞而记载。《后汉书》即是将黄河清当作是祥瑞现象记录的。《后汉书》记载：有秦客者，乃为诗曰：“河清不可俟，人命不可延。顺风激靡草，富贵者称贤。文籍虽满腹，不如一囊钱。伊优北堂上，抗脏倚门边。”其中“河清不可俟，人命不可延”便反映了把“河清”当作一种稀闻罕见的祥瑞之征。《隋书•王劭传》对河清祥瑞现象作出了解释，官任著作郎的王劭上表说，“按易坤灵图，曰‘圣人受命，瑞先见于河者’”上文所述“汉桓帝延熹九年四月，济阴、东郡、济北、平原河水清。”在《宋书》中即放在“符瑞下”这一卷。此后各朝均有一些地方官或宫中大臣借“黄河清”歌功颂德。
2、灾异说：
另外一种与之截然相反的观点是“灾异说”。
认为“河当浊而反清，阴欲为阳”，视“黄河清”为一种叛乱、不祥之征。“黄河清”为“不祥之征”的看法略晚于“祥瑞之兆”的观点，但两种观点一直相伴而行，几乎在历朝均有提出者。文献所见较早提出黄河清为不祥之征的是东汉的襄楷。
襄楷，字公矩，平原隰阴人。据《后汉书•襄楷传》载:桓帝延熹八年、九年，济阴、东郡、济北平原河水连续变清，上下皆以为瑞祥之兆。襄楷却反其道而述之:“案春秋以来及古帝王，未有河清及学门自坏者也。（延熹五年，太学西门自坏。八年，济阴、东郡、济北河水清也。）臣以为河者，诸侯位也，（《孝经援神契》曰：“五岳视三公，四渎视诸侯也。”）清者属阳，浊者属阴。河当浊而反清者，阴欲为阳，诸侯欲为帝也。”
南宋吴仁杰在《兩漢刊誤補遺》卷九有河清三论“漢以來河清而史不著事應者，皆可推言之也。建寧四年河水清，鮮卑寇荆州；宋元嘉二十四年河濟俱清，後三年魏人至爪歩；唐武德九年河清，建成兄弟自相魚肉；貞觀十四年以後比三年河清，劉蘭齊王張亮相繼以畔誅；二十三年河清，有國䘏；永徽調露間河清者四，則應在武氏開元中，河清則應在祿山；乾元二年河清，不三年有國卹；寳應元年河清，明年代宗幸陜；建中四年河清，涇原兵變；十四年河清，李錡以不軌聞；其為不祥甚矣！” 其观点明显是视河清为“灾异”。明末学者顾炎武归类整理了“黄河清，诸侯为帝”的观点和事例，字里行间也明示其视“河清”为“灾异”的观点。
1、旱灾
黄河的泥沙最重要的来源是中游的黄土高原地区，因而黄河澄清的最重要原因就是黄河上中游地区长期持续干旱无雨，地表难以形成径流，没有或仅有少量的泥沙进入河道，同时黄河水量大幅度减少，河水流速放缓，使河水携带的泥沙很快沉积下来，最终导致河水由浊变清、径流由小至清。
以上文《水经注》中所言延熹九年“河清”为例。《后汉书 卷七 孝桓帝纪第七》有载“九年春正月己酉，诏曰：‘比岁不登，民多饥穷，又有水旱疾疫之困。……其灾旱盗贼之郡，勿收租，馀郡悉半入。’”此处九年春正月即为延熹九年正月，从诏文内容看“比年不登”明显为延熹八年之情况，“民多饥穷”，“其灾旱盗贼之郡，勿收租，馀郡悉半入”说明了延熹八年发生了不小的旱灾，以至于产生了重要的社会影响，使得朝廷不得不减免赋税。此次旱灾相对应的有《后汉书 志第十五 五行三》记载的“延熹八年四月，济北河水清”，说明了此次旱灾与“河清”之间存在着不容忽视的关系。
而在延熹九年“三月癸巳，京师有火光转行，人相惊噪。司隶、豫州饥死者什四五，至有灭户者，遣三府掾赈禀之。……夏四月，济阴、东郡、济北、平原河水清。”据史*载可知延熹九年的灾情并不比八年缓和，虽然史书没有直接指出此次灾害为旱灾，但是我们可以推断，使得“司隶、豫州饥死者什四五，至有灭户者”的是发生在农历春三月的一场大灾害。东汉司隶、豫州位置大致在在今关中盆地一带向东包括洛阳所在的河南及其周边地区，位于秦岭淮河以北地区，春季最常见的灾害就是春旱。并且有“京师有火光转行，人相惊噪”的记载，暗示了这是一场漫长而*人无形的旱灾。如此严重的旱灾，必然导致黄河在中游入水减少，入沙亦减少，同时黄河径流量缩小，携带泥沙的功能大大降低，势必造成“夏四月，济阴、东郡、济北、平原河水清”的现象。以上四郡位于今濮阳以下黄河下游，黄河下游如此大范围的“河清”正好印证了中游地区春季的严重干旱。
干旱与黄河澄清有着最直接的联系，所以历史时期“黄河清”就作为特大、重大干旱的参数被广泛利用。现代学者更是将黄河清、微清或微黄作为“旱灾标准描述词汇”。如林振杰等对山东和河南历史时期气候资料进行汉字信息化处理时，均用“河清”描述旱涝等级(四级)，旱涝等级五级时的水圈响应被描述为河涸。
满志敏在《中国历史时期气候变化研究》中总结有关旱灾的记载主要包括：
1、数月不雨以及旱灾的影响。主要表现了降雨量的偏少，其中包括与此有关的自然现象，如河断、泉井干等。
2、黄河河清的记载。河清在史料中常作为祥瑞的现象，但据现代的史料，这是黄河中游主流区干旱在下游的表现，因此这些记载可以说明中游地区的干旱。
3、蝗灾及其影响。蝗灾是生物灾害，它的出现大部分与干旱的生态背景有关，史料中也经常把旱蝗并列在一起记载。
4、竹子开花。竹子开花经常与大旱有关系。
5、政府或社会对旱灾的反应。如因旱灾而歉收、下诏蠲免、遣使体量、祈雨、大雩等记载，一定程度上反映了旱灾的程度和地区。
2、河水冰冻
冬春季节，黄河上中游河道冰封，流水趋缓，泥沙下沉；同时，冰封河道也减缓了河水对河床的冲刷，使流入河道的泥沙减少，以至于水质变清。开春后，冰雪融化，雪水缓缓渗透于地下，无法形成地表径流，冰雪融水注入黄河后，也会使得局部河水变清。
