有氧呼吸是指在充足的氧气供应下，通过线粒体将葡萄糖等无机物完全分解为能量、二氧化碳和水的一种代谢方式。其三个阶段的反应方程式分别是：
1.糖解（Glycolysis）：一个葡萄糖分子在胞浆中经过10个酶反应剪裁成两个分子的三碳糖（即丙酮酸或乳酸），伴随着产生少量ATP（三磷酸腺苷）和NADH（辅酶Ⅱ）
C6H12O6 + 2NAD+ + 2ADP + 2Pi -> 2C3H4O3 + 2NADH + 2ATP + 2H2O
2.三羧酸循环（Citric Acid Cycle）：将产生的丙酮酸和其他三碳分子氧化成二氧化碳与水并产生大量的NADH与FADH2和ATP，其核心产物是四个二氧化碳分子和一个GTP（鸟苷酸三磷酸）
2C3H4O3 + 6NAD+ + 2FAD + 2GDP + 2Pi + 4H2O -> 4CO2 + 6NADH + 2FADH2 + 2GTP + 12H+
3.氧化磷酸化（Oxidative Phosphorylation）：将在糖解和三羧酸循环所产生的大量尼克酰胺辅酶和ＦＡＤＨ２与耗氧作用，产生能量和水。
NADH + H+ + FADH2 + O2 + ADP + Pi -> ATP + NAD+ + FAD + H2O + CO2
请注意，这里只是对每个阶段的反应方程做出简单的描述，并非全面而严格的公式。此外，反应方程也会因为体内储备和代谢状态的差异而有所不同，并不能以一成不变的形式进行简单表述。
