沮渠牧犍开始不肯听命，等到城中守兵溃散，侄儿沮渠万年举白旗率众出城降魏后，只得让人把自己捆起来，出城请降。从沮渠牧犍即位到此时绑出降，正好是七年时间。
拓跋焘只是责备了沮渠牧犍几句，便命人给他松绑，以妹婿之礼相待待。并让沮渠牧犍带着宗族及吏民三万户，随大军回平城。乐平王拓跋丕及征西将军贺多罗奉命镇守凉州。
后来，沮渠牧犍的弟弟沮渠无讳等人因叛变而被剿*，沮渠牧犍因暗藏毒药而被赐死，沮渠牧犍的弟弟沮渠万年以及嫁到北魏的妹妹也都因坐罪而被赐死。沮渠氏宗族死了数百人，唯独沮渠牧犍的妻子武威公主，因是拓跋焘的亲妹妹而得以幸存，在此一笔带过。
拓跋焘灭掉北凉后，大河南北尽为北魏所有，只有氏帅杨难当还占据上邽一隅之地。氐帅杨难当自从梁州兵败之后，一心只想保守自己的领土，不敢向外扩张，而且每年准时向宋、魏两国朝贡。一年后，杨难当又不安分了，自称大秦王，册立妻子为王后，世子为太子，并大赦改元。杨难当的侄子杨保宗也因大赦而被释放出狱，奉命镇守薰亭。
太武帝拓跋焘得知杨难当又称王，立即派平东将军崔颐前往仇池，斥贵杨难当胆大妄为，并命乐平王拓跋丕、尚书令刘絜等率军征讨。
杨难当大为惊恐，情愿将上邽送给北魏，命儿子杨顺率部众返回仇池。拓跋焘这才作罢，命拓跋丕入驻上邽城，抚慰百姓，然后大军还韩月。
东晋时代，五胡并起，中国大地先后出现了十六国，分别是二赵（前赵后赵）、四燕（前燕、后燕、南燕、北燕）、三秦（前秦、后秦、西秦）、五凉（前凉、后凉、南凉、西凉、北凉）、成汉以及胡夏。到了晋亡宋兴之时，只有夏赫连氏，北燕冯氏，北凉沮渠氏三胡尚存。北魏太武帝拓跋焘连灭夏朝、北燕、北凉三国。十六国中，唯独李雄踞蜀称王，传三代被晋朝灭亡，后来被刘裕收复。刘裕篡晋称帝后，蜀地归刘宋所有，此外其他国家都被北魏吞并。当时，中国的疆域，刘宋得三四成，北魏得六七成，两国对峙，划分南北，后世因此称为南北朝。
此时，北魏国力最为强盛，威震塞外。西域诸国如龟兹、疏勒、乌孙、悦般、渴槃陀、部善、焉耆、车师、粟特九大部落，都先后向北魏朝贡；远者如一万五千里之外的破落那、者舌二国，也派使者来平城，向北魏太武帝称臣朝贡；就连西方的波斯、东方的高丽，也都臣服于北魏，唯独柔然人不服，屡次侵扰北魏。后来在太武帝拓跋焘的高压之下，柔然才迁出漠北，部落也逐渐离散，无力再犯。
北魏太武帝拓跋焘是一代雄主，一心想治理好国家，命司徒崔浩、侍郎高允纂修国史，订定律历；令尚书李顺考核百官，制定严格的考核制度。李顺贪财，收受贿赂如家常便饭，因而在考核百官时就显得有失公平。拓跋焘得知后，勃然大怒，以欺君误国之罪，赐李顺自尽。
