在实际应用中，有必要对可预测/不可预测的氨基酸对进行类别划分，其中有83个可以预测，260个不可预测。在人类 CFTR的1479对中，有247对可以被预测，而有1232对则无法被预测。表3给出了与此有关的变化类型，其中仅5个可预见的氨基酸对出现了变化。
2.被变异替换掉的氨基酸对
当一对氨基酸由于变异而被取代时，其在变异之前仅在蛋白中存在过一次，则该对在变异之后就会消失。但若一个胺基对在变异之前已经发生过很多次，则该胺基对在变异之后还会继续保持。一个基因座的变异通常仅包含两组氨基酸，这保证了其它相同的氨基酸在变异之后不会发生变化。表4所示为由突变所取代的氨基酸对在变动之前与变动之前的组合。
根据对变异前后的出现频率进行对比可以看出，变化的目标是要减少那些实际频率高于预测频率的氨基酸对的出现频率。比如，两个氨基酸对都属于此种类型，其出现频率从74下降到31 （表4第3行），相同的情况也发生在变化前的第4和5行，87.07%的氨基酸对属于一个或两个被替代掉的氨基酸对，其实际频率高于预测频率。
这表明，该突变的效果是通过降低实际频率，从而缩短实际频率与预测频率之间的距离来达到的。只有10个位点的真实发生频次低于预期，这表明用提高真实发生频次来缩短两者的距离很困难。
3.被变异替换出的氨基酸对
举例来说，有15.17%的突变携带了一对或两对不属于人类 CFTR蛋白质的氨基酸。此外，与预期相比，真实发生次数低于预期次数的氨基酸配对共有122种（68.54%）被替代（以*标示）。
