在太空阶段中，鼠标滚轮向下滑动你能看见广袤的银河，其中有多个星系，你需要驾驶飞船穿梭于这些星系。当到达目标星系之后鼠标滚轮向上滑动你会看见这些星系之中还有很多颗星球，你可以选择进入星球，如果被其它文明所占据，你需要先获得通行权。
进入一颗没有被其它文明所占据的星球之后，你可以用飞船拐走这颗星球上的一切，包括树木，甚至是你之前遇到的巨型生物都可以拐走（这里同样有个彩蛋，当你在生物阶段时会遇到UFO来绑架，就是当下阶段的这个UFO），要知道，UFO绑架的能力是非常NB的，就连关七（温瑞安《说英雄谁是英雄》里的最强武林高手之一，结局是被UFO带走）这种神人级别的存在都无法幸免，绑架是我在太空阶段最喜欢*事。
回到话题上，太空阶段的主要玩法并非是绑架这种恶趣味的事，而是称霸银河系，与其他星球上的文明进行外交互动是必不可少的，可以外交结盟，也可以对其实施军事打击。除了这些基本的决策之外，你甚至还可以使用技能来影响对方，比如武士的技能是勾结宇宙海盗侵略目标，吟游诗人使你的敌人对你友善，还有很多其他职业，我就不一一阐述了。
太空阶段的策略性为各阶段之最，同时也是最烧脑最复杂的，在B站上做全流程的大佬都极少有能制霸太空阶段的。而除了游戏本体之外，可以自己安装MOD来增加游戏的可玩性，比如在太空阶段中甚至可以装上高达的MOD组建高达。
从《孢子》各个阶段的玩法来看，在生物的各个阶段中这款游戏覆盖了休闲、ARPG、RTS、SLG等多个类型的玩法，不仅是在向玩家展示生物的进化，也向玩家展示了游戏的变迁，其内容是极其丰富极具深度的。
