由于水禽养殖场的供销运输与外界联系频繁，容易传播疾病，所以场区内外运输车辆应严格分开，负责场区外运输车辆的车库应设在生活管理区。
生产区入口处设置车辆消毒池和人员更衣消毒室等。生产区与生活管理区应严格分开，两者相距 50米以上,并有物理隔离设施，外来人员和车辆不得进入生产区,防止发生疫情。
生产区内养殖舍之间的距离一般为房舍高度的 3~5倍,利于防疫和防火，生产区最好布置为正方形或近正方形,应避免狭长形布置。
这样可以减少饲料和粪污等的运输距离，同时避免管理工作联系不便 道路管线加长、养殖场建设和运行成本增加。
生产区包括各种水禽舍，是养殖场的核心,其布局应进行全面细致的规划，专业性养殖场的水禽群体单一。
为了保证防疫安全，各种水禽舍的布局应根据主风向从上到下与地势从高到低，按下列顺序设置：孵化室、育维室、育成舍、后备水禽舍和成年水禽舍等。
孵化室与场外联系较多，宜建造在靠近生活管理区的入口处，大型综合性水禽养殖场可单独建造孵化场，育维舍和成年水禽舍应问隔一定距离，防止交叉感染。
综合性水禽养殖场的种禽和商品禽应分区饲养，种禽区的防疫位置应优于商品水禽区，两区的育维、育成水禽舍的位置应优于成年水禽舍。
且育维、育成舍与成年水禽舍之间的间距应大于本群养殖舍的平均间距，各场房之间应设置物理防疫隔离设施，且各分区的饲养管理人员、
运输车辆、设备、工具等应严格控制，防止互串。
