一日，允贤去永庆庵上香，偶遇了化名为郑齐的明英宗朱祁镇，并在他的带领下，意外救下了忠臣于东阳，难产的妻子。
然而回去的路上，允贤与郑齐因讨论孙太后而发生口角，郑齐抛下允贤而去，允贤不会驾车，令马匹受惊，飞速奔跑。
允贤惊慌之际，被路过的朱祁钰救下，朱祁钰拿出一直随身携带的铁皮石斛，才令允贤认出了他。
朱祁钰对允贤照顾有加，还看出了允贤对于自己那件首饰被摔碎非常难过，便定做了一件一模一样的首饰赠送给她，突然收到礼物的允贤对朱祁钰既感激又感动。
徐侍郎相中了允贤，想要为自己的儿子求娶她，但在徐侍郎与允贤的父亲交谈之时，听说了此时的允贤担心父亲会答应这门亲事，便跑出来亲自拒婚，令徐侍郎怀恨在心。
但是徐侍郎的夫人却并不在意此事，还热情地让允贤为自己看诊，谁知徐夫人吃了允贤留下的药方后竟然意外死亡了。
徐侍郎将允贤告上了顺天府，允贤被关在了都是患病之人的病房中，没想到负责送牢饭的罗大娘是个医婆，允贤在她的身上学到了不少可以在药物短缺的时候，治病救人的偏方。
后来，朱祁镇听说允贤被抓，便派了王振前来帮助，查清了事情原委，允贤被无罪释放。
但是，经此一事后，允贤对自己的医术没有了信心，心中有了放弃学医的想法。
而另一边，朱祁镇与朱祁钰这对兄弟终于见到了面，朱祁钰尊敬兄长，从未有过取而代之的想法，便将孙太后的计划告知了朱祁镇，兄弟二人决定联手对抗孙太后。
朱祁镇担心允贤真的会放弃自己的理想，便将她带到寺院中，收留没钱看病的人的地方，用激将法令允贤解开了心结，为这些穷苦的百姓诊治。
黄河突发水灾，遭难的百姓流离失所，涌上了京城，永庆庵自发组织救济灾民，允贤也参与其中，救治受伤的百姓。
允贤救治的过程中，发现流民中有人感染了传染病，霍乱，朝廷得知有疫情便派出医者救治，然而朝廷派出的人所用的方法，竟然没有允贤所用的土方管用。
经过此事，允贤获得了活观音的称号，并且在救治之中，允贤偶然救了一个蒙古人，她并不知道的是，这个蒙古人便是瓦拉国的太师。
允贤的父亲，意外发现允贤又在使用医术，便生气地将她关了起来，这时候，朱祁钰的母亲也得了霍乱，他夜里偷偷闯入允贤的房间，将她带走为母亲治病。
经过一夜的诊治，朱祁钰的母亲已无大碍，可当他将允贤送回家之时，允贤的父亲已经发现了允贤一夜未归之事，又将她关入地窖。
朱祁钰早已对允贤一见钟情，经过这段时间的相处，他鼓起勇气向允贤表白，而朱祁镇也了解到了允贤行医的难处，便下令封允贤为乡君，公开表扬她的行医善举，这才解了允贤在家中的困境。
后来朱祁钰向朱祁镇请旨赐婚，朱祁镇并不知道她们兄弟二人都爱上了允贤，便欣然应允。
大年三十那天，朱祁镇因与孙太后发生冲突，便独自一人跑出了宫，不知不觉走到了允贤家门口，允贤在门口发现了朱祁镇，便拿出饭菜招待他，还和他一起打雪仗，看烟花。
元宵节时，朱祁钰约好了允贤要一起出门赏花灯，可朱祁钰却被汪美麟绊住了脚，允贤又遇上了朱祁镇，他们一起猜灯谜，朱祁镇用得来的奖金换了一只玉镯送给了允贤。
后来，允贤想要再等等朱祁钰，便让朱祁镇先行离开，朱祁钰匆匆赶到，两人终于相聚，朱祁钰为允贤戴上了一支钗，正好被未离开的朱祁镇看到，他才明白原来朱祁钰想要娶的人是允贤。
汪美麟是孙太后的侄女，她想让朱祁钰娶汪美麟，可朱祁钰却爱上了允贤，这引起了汪国公和孙太后的*意。
孙太后支开了朱祁钰，并下令调走了允贤的父亲，允贤一家匆忙离开，在船上的时候遭到了刺*，允贤为了救奶奶而落水，允贤的侍女紫苏为救允贤被*。
之后，便传回了允贤已落水而死的消息，朱祁镇听闻消息无力地跌坐在龙椅之上，而朱祁钰听闻允贤已死的消息则吐血晕倒。
而重伤落水的允贤大难不死，为人所救，还偶遇了精通药膳的王道长，机缘巧合，允贤拜王道长为师，将其所知尽数掌握。
允贤学成后，打听到父亲与奶奶已安全到达无锡，但朱祁钰则为自己病倒了，于是，她决定回京。
回京之后，允贤为了见到朱祁钰，一路打怪升级考入太医院，却没想到遭人陷害，幸亏朱祁镇听到了允贤的名字，赶来营救。
而这时候，允贤才得知，她所认识的郑齐竟然是当今的皇上，在宫中，允贤还结识了温柔美丽的钱皇后，两人亲如姐妹。
