朱祁钰再见到允贤欣喜不已，朱祁镇忍住心中的不舍，想要为二人赐婚，却遭到了朱祁钰的生母，吴太妃的阻挠。
吴太妃始终认为，允贤曾为男人诊治，抛头露面名声有损，不配嫁入皇家，成为朱祁钰的妻子。
朱祁钰侍母至孝，两边为难，而允贤，一边要努力应付太医院众人的刁难，一方面又要想办法与心爱之人在一起，甚是艰难。
后来，朱祁钰为了让母亲答应，提出让允贤改姓，允贤起初并不愿意，却看到朱祁钰一再恳求，只能哭着同意，然而，吴太妃却听说允贤同意后又出难题刁难，要求允贤嫁人后不得再行医。
这是允贤的梦想，可朱祁钰却依然要求，允贤听从母亲的要求，允贤可以一再委曲求全，却不能放弃梦想，于是二人发生争执不欢而散。
允贤通过自己的努力，不但解决了太医们出的难题，还成功拜师太医院的刘平安，她用药膳为嫔妃们调理身体，还做出护肤品为嫔妃们美容养颜，允贤的医术和名声都在不断的提高。
宫中嫉妒允贤的人太多了，可朱祁镇却总能在第一时间去保护允贤，而朱祁钰却看到允贤与朱祁镇谈笑后，选择负气离开。
允贤在朱祁镇的帮助下，与朱祁钰坦诚相告，终于揭开了心结，二人决定共同帮助朱祁镇，扳倒孙太后，掌握实权。
朱祁钰被派遣外出，二人要经历短暂的分别，都很不舍，但是他们明白，彼此都是为了未来而努力。
允贤将自己搜集的药膳配方交给朱祁镇，要他印成书籍，免费分发给百姓，以得民心，没想到，却被程十三捷足先登，偷偷抄袭并先印制成册，在民间贩卖。
也是因为此事，允贤为谭家的后代之事被揭穿，而程十三是幕后凶手之事也浮出水面，在朱祁镇的帮助下，谭家终于沉冤昭雪，而朱祁镇也因孙太后受刺激中风在床，而获得了实权。
然而，朱祁钰却在回来之后被迫娶了汪美麟为妻，汪美麟婚后遭受朱祁钰的冷落，却将此事怪罪到了允贤的头上。
汪美麟以允贤家人的安全作为威胁，想让允贤自*，钱皇后为了保护允贤，便安排她假死，恰逢明朝与瓦剌开战，朱祁镇御驾亲征，允贤也跟随军队成了一名军医。
