嘉靖三十三年（1554年）
康妃杜氏（穆宗朱载坖生母）去世；倭寇大肆袭扰东南沿海，百姓损失惨重，令沿海筑城抗倭；更定钱法；吐鲁番诸部、乌思藏诸部入贡；明军兵败大同，总督巡抚皆被革职；停止边选贡生监生；始设巡抚与提督为一人兼任，以屠大山为应天巡抚兼提督；制定犯罪军官子弟革袭条例；南京兵部尚书张经为总督大臣，督理南直隶、浙江、山东、两广、福建等六省军务，诏令对倭寇剿招并行；增造南京新江口兵船二百艘。
嘉靖三十四年（1555年）
选淑女一百六十人入宫；令产铜在云南、两广、山东、福建等省铸造铜钱，以解决国库空虚；明军抗倭取得大捷，六省总督张经被严嵩诬陷，遭斩首弃市；增加悬赏俺答首级，赐银一万两，并授爵伯；陕西、山西发生特大地震死伤过百万人。
嘉靖三十五年（1556年）
明军抗倭接连失败，沿海百姓被虏掠惨重；令地采献灵芝；大封诸王及王妃；杭州发生大火，烧毁房舍上万间，清军察院、镇海楼被毁；广东陈以民起义失败；令两淮于盐银为海防军费；悬示劝借赏格，激励百姓抗倭；胡宗宪诱*海盗王直部下“天差平海大将军”徐海，总兵俞大猷剿灭徐海余部。
同年，朱厚熜上其父睿皇帝道号为“三天金阙无上玉堂都仙法主玄元道德哲慧圣尊开真仁化大帝”，其母道号为“三天金阙无上玉堂总仙法主玄元道德哲慧圣母天后”。自号“灵霄上清统雷元阳妙一飞玄真君。”后加号“九天弘教普济生灵掌阴阳功过大道思仁紫极仙翁一阳真人元虚玄应开化伏魔忠孝帝君”，再号“太上大罗天仙紫极长生圣智昭灵统三元证应玉虚总掌五雷大真人玄都境万寿帝君”。
嘉靖三十六年（1557年）
倭寇大肆虏掠江北；浙江乌镇马祖师，以幻术聚众起义；胡宗宪诱擒海盗王直；葡萄牙开始在澳门设置官吏；奉天、华盖、谨身三殿火灾，遣官督办川、贵、湖广采办木料，严嵩同党赵文华称病，拒绝承办建造正阳门城楼，被革职贬为庶人，不久暴毙；高岱著《鸿猷录》成书，记载自朱元璋起义至嘉靖年间兵事；始设福建巡抚，统辖福建，并命浙江巡抚阮鹗为福建第一任巡抚。诏令应天、广东采珍珠130万颗；修订陕西茶法，福建广东进龙涎香四十余万两。
嘉靖三十七年（1558年）
倭寇重新纠结力量，侵犯浙江福建，史称“新倭”，北俞大猷击败；大同右卫解围；制定岁进内库银数额为一百万两；采九德《倭变事略》编成；议定漕运制度；征京军十万人修建朝门；允许银钱并永。福建巡抚阮鹗受贿，被革职为民。
嘉靖三十八年（1559年）
江北倭患逐渐平息；辽东发生大灾，朝廷拨款救济；江南四大才子之一，文征明去世，时年90岁；罢革侵冒边粮大臣数十人；俞大猷遭胡宗宪嫁祸，被下狱；俺答再次寇边，蓟辽总督王纾被斩首弃市，时年53岁。同年，行海运督粮入辽东。
嘉靖三十九年（1560年）
戚继光编练戚家军，屡获战功；福建、南京发生兵变；俞大猷在大同设立兵车营；福建起义军首领张琏称帝，年号造厉；命严嵩亲信鄢懋卿总理两淮、长芦、河东盐政；清理京畿田庄，开桑干河700余里，以通大同运道。
嘉靖四十年（1561年）
闽浙流民起义不断，令浙直总督胡宗宪节制江西，发兵应援；陕西宁夏、固原等地发生特大地震，百姓死伤过半；西苑万寿宫发生火灾，历代宝物尽毁，嘉靖帝移居玉熙宫。戚继光陆续平定倭寇，大破台州；实行均平里甲之法；京官及有司官不得纳援；制定内务府各衙门役工数额。
嘉靖四十一年（1562年）
重修万寿宫完成，嘉靖帝迁回万寿宫； 泉州府发生瘟疫，十分之七百姓死亡；御史邹应龙弹劾严世蕃诸多罪状，严嵩被革职，严世蕃发配雷州戍边；以俞大猷、戚继光为福建正副总兵，张琏起义失败；各地供京师粮400万石，而各王府为870万石。
同年，裕王第三子朱翊钧出生；俺答扰掠京畿，京师戒严；朱厚熜令重录《永乐大典》一份，另藏他处；改奏天殿为皇极，华盖殿为中极，谨身殿为建极，文楼为文昭阁，武楼为武成阁。左顺门为会极门，右顺门为归极门，奉天门（大朝门）为皇极们，东角门为弘政门，西角门为宣治们。
嘉靖四十二年（1563年）
俞大猷、戚继光抗倭，取得兴化大捷；俺答入侵顺义三河，京师戒严；严禁外官贪腐害民；恢复崇文门课司征收商税；停设闽广总督；停止遣京师“蕃僧”册封藏王；禁止辽东海运输粮。
嘉靖四十三年（1564年）
戚继光大败倭寇，福建倭患暂时平息；伊王朱典楧以在开封造宫城，选民女，被削去世封，禁锢；停止派京官出任各地乡试考官，由当地教职充任；停止百官食盐免费制度；蓟辽总督刘焘疏通潮白河，以通漕运。同年选淑女三百人入宫，以炼制丹药。
