嘉靖四十四年（1565年）
严嵩削籍，籍没，严世蕃以谋反罪诛；颁布《宗藩条例》；占居澳门德葡萄牙人谎称马六甲人，请求入贡通市；四川蔡伯贯率领白莲教起义，自称大唐天宝元年，一个月后失败；黄河决口沛县，漕运阻塞；胡宗宪再次下狱，病死；景王病死，无子，爵除，庄田被徐阶返还与民。同年，在江南推行“十段锦”法，辽东垦田；罢两淮工本盐。
嘉靖四十五年（1566年）
广东李雅元起义失败；吴百朋请调大军镇压江西、广东农民起义；《今言》刊行；海瑞力谏嘉靖帝，人称“万世治安疏”，或“天下第一疏”，被下诏狱；永平天津始通海运；两广并设总兵官；嘉靖帝驾崩于乾清宫，时年70岁，谥肃皇帝，葬于永陵；遗诏裕王朱载坖即位，以明年为隆庆元年。
嘉靖帝是一位中材之主，在位前二十年革除弊政，开创了嘉靖中兴。剩余的二十五年，他迷信道教，重用宦官，常年不上朝，致使朝政日益败坏。他聪明自信，但是又狂妄自大，并且是一位十足的孝子。因其迷恋道教，被世人称为道君皇帝。
