中华文明的历史典籍卷帙浩瀚，仅正史就有二十四部。自唐朝以后，私人修史的风气逐渐衰落，正史皆由官方写作班子来编纂，所以篇幅越来越大。在私人修订的史书中，司马迁的《史记》和班固的《汉书》广受好评，而魏收的《魏书》最糟；在官修的史书里，《隋书》与《明史》质量最高，而《元史》最差。
《元史》编于明太祖洪武二年，当时明军才刚刚攻克大都，而元顺帝正迁往应昌府，元朝并未灭亡。由于朱元璋急切要宣布元朝已经被取代，所以命宋濂、王祎等人在元十三朝《实录》的基础上，编纂一部《元史》。于当年二月开馆，八月就形成初稿。然而由于顺帝朝还没有结束，缺乏相应的史料，于是朱元璋又命儒臣到北方去查访故事、搜集文书，送往江南以备采摘。洪武三年二月再次重开史局，至六月全部成书。总计下来，《元史》两次开馆，前后耗时仅十个月而已。这部史书共有260万余字，篇幅仅次于两《唐书》、《宋史》和《明史》。在十个月内完成这样一部大著作，可见其成书过程之仓促与草率。
后世的史学家都指出《元史》中存在体例混乱、前后矛盾、一人数传等毛病，但我们认为《元史》最大的缺陷就在于它没有完整的呈现出整个蒙古帝国及元朝历史的面貌。这点魏源就指出来了，他在《元史新编》中说：“自国朝以前，疆域未有廓于元者；而史书之芜蔓疏陋，亦未有甚于元者。”
《元史》叙事模糊，未能说清历史的全貌
《元史》对蒙古帝国的记载模糊不清元朝的祖先起自大漠，没有文字。在建国之后，蒙古人又不能像金国的女真人那样访求先朝事迹，所以他们对自己的祖先记载寥寥。自成吉思汗以后，才出现了一本《脱必赤颜》，然而也被皇室供奉在宫中，不供外人阅览，所以人们对元朝的起源一直处于模糊不清的状态。《元史》虽然在本纪部分简介了成吉思汗统一蒙古的过程，但在列传之中，却见不到当时许多开国功臣的名字。“四骏”里木华黎、博尔术、博尔忽皆有传，独不见赤老温；而被成吉思汗消灭的诸部也没有具体的名字，只着重记载克烈与乃蛮。
至于蒙古兵远征欧洲的事迹，在《元史》中更是查不到详细的记载，所以魏源说：“旧史太祖、太宗所平漠北、西域数十部无一传，何以知疆域之所至？”直到他编修《海国图志》、了解世界地理之后，才知道元朝西部疆域“与今西洋夷接壤。”这点，《元史》中没有体现出来。
元朝自己的国史直到忽必烈时才出现，他命翰林院采集累朝事迹，编成太宗、宪宗与世祖三朝的实录。忽必烈当时就说：“太宗事则然，睿宗少有可易者，定宗固日不暇给，宪宗事独不能记忆耶？”这说明，元朝初起时的历史都是在忽必烈的时候才追述的，从成吉思汗统一蒙古诸部到忽必烈当政的这70多年时间里，缺乏第一手的史料，大多由史官追忆访求而来，所以写得很简略，而且矛盾百出。对比《金史·世纪》和《元史·太祖纪》就可以看出，元朝人对自己的祖先知之甚少。《金史》里用一卷的篇幅来记叙金国人的祖先，共计八千余字；而《元史》中对元朝的祖先，仅附于《太祖本纪》的开头，用一千多字来记载自孛端察儿到成吉思汗之间十世的历史。
由于元朝人直到忽必烈的时代才开始记载自己的历史，所以对在忽必烈之前蒙古帝国崛起的这段历史记载寥寥，在《元史》中占据的篇幅非常之小。让人读起来觉得蒙古就像契丹或女真一样，是大漠中的一个小部落崛起，然后入主中原，成为中国之主。看不出蒙古帝国是在消灭亚欧大部分国家之后，才吞并金国与南宋的。
《元史》没有说清蒙古帝国与元朝的关系
《元史》缺失顺帝北逃后的元朝历史正如明朝并非亡于崇祯自尽，而是亡于南明被灭；元朝也同样并非亡于顺帝北逃，而是亡于北元灭亡。顺治入关后为了提前顺告明朝灭亡，便下令修《明史》，坚决否认南明的合法性，但《明史》中还是将南明的历史附录到《诸王传》里。而《元史》却因修得仓促与草率，根本记载不及北元的历史。《元史》在《顺帝纪》中说：“八月庚午，大明兵入京城，国亡。”就是把大都沦陷当做元朝灭亡的标志，但并不符合实际也不符合史书惯例的。
例如金国在1122年就已经攻克辽国的五京，天祚帝被迫逃亡，但《辽史》并没有说辽国灭亡于这一年。而是在《天祚帝本纪》中将耶律大石所建立的西辽附于末尾，认为辽国还一直存续了好多年，直到乃蛮王屈出律据其位，篡夺耶律鲁古的政权，才写道“辽绝”；蒙古人于1215年攻克金国的首都，《金史》也没有说金国亡于这年，而是直到1234年，金哀宗自*，金末帝突围失败，才写道“末帝为乱兵所害，金亡。”
元顺帝出逃跟天祚帝流亡、金宣宗迁都一样，并不意味着元朝就此覆灭了。况且，在洪武三年以后，明兵仍与元朝大将扩廓帖木儿数次交锋，这说明攻克大都，但没有俘虏元顺帝，未彻底消灭元朝政权，元朝并不亡于此时。《元史》为了提前宣布元朝灭亡，便以攻克大都为标志，硬说顺帝北逃之后，元朝历史就已结束。在北方的那个政权不再是元朝，而是胡虏了。这跟满清入关之后，宣布南明为“伪”一样。
顺帝北逃后，元朝政权并未结束
《元史》以顺帝北逃为元朝灭亡的标志，在《顺帝纪》的末尾由添补进一段话，说北逃两年后顺帝便病逝，大明兵袭击了应昌府，顺帝太子“爱猷识礼达腊从十数骑遁”，之后便无记载了。在清朝人编的《明史》中，我们才找到了关于顺帝北逃后元朝的详细历史。在明兵袭应昌府后，扩廓帖木儿拥立爱猷识理达腊于居和林，并拒绝向明朝投降的要求。之后元兵数次为边患，而明军也屡次北征，终未能彻底消灭其势力。元朝与明朝依然共存了一段时间，就像南迁后的金朝与蒙古对峙一样。
洪武十一年元帝爱猷识礼达腊驾崩，明太祖派使者前去吊唁，其子脱古思帖木儿继位；二十年，元相纳哈出率众投降于明朝，东北纳入版图；接着明太祖又命蓝玉率领十五万大军出征漠北，俘虏元朝众臣，独其君脱古思帖木儿走脱；脱古思帖木儿在逃亡途中，被部下也速迭儿缢*，由黄金家族建立起来的元朝真正灭亡。之后才出现“鬼力赤者篡立，称可汗，去国号，遂称鞑靼云”的结果。
因此，《元史》不应截止于洪武三年，它至少应截至洪武二十一年，在断限上存在问题。而魏源的《元史新编》甚至直到明宣宗宣德九年，瓦剌遣使入朝，献传国玺时，才说“元始亡”。柯劭忞的《新元史》则在顺帝的后面加有《昭宗纪》，一直记载到脱古思帖木儿时期。
《元史》在断限方面，上限模糊，下限草率
为什么《元史》不能反映元朝的历史全貌？《元史》虽然署名为宋濂等，但它其实并非明朝人所写，而是明朝人把元朝人所写的史料修辑在一起而已。它不是站在事后的角度，用后人的眼光来认识及梳理前朝历史。而是把前人的原始资料汇编到了一起，拼凑成一部史书。
《元史》的本纪部分记载非常详细，几乎未加删减，都是从十三朝《实录》上抄来的。由于元朝不设起居注，只命一名文学掌管时政科，将重要朝政资料抄录起来，以付史馆。所以《元史》中各朝皇帝的形象很模糊，而且史官又不敢记载宫廷之事，所以《元史》里也说：“旧史往往详于记善，略于惩恶。”这样，《元史》所依据的史料不过是元朝官方的文书而已。《志》部分主要采录《经世大典》，唯郭守敬编修的《天文》、《五行》诸志可观。传记部分，则详于元末，略于元初。其中武将的传最为简略，文人的传则很详细，这是因为文人有作品传世，可以根据他们的作品来立传。
由于《元史》只是宋濂等人在十个月内利用旧史来拼凑成的一部史书，所以它缺乏一个统揽全局的视角，没有整齐划一的编排，也没有独到的史评见解。一大堆史料堆在了一起，读起来让人了无头绪。这部史书分两次开馆，第一次编了前一百四十五卷，第二次又编了后六十五卷，加入《耶律楚材》《刘秉忠》等开国名臣的传记。耶律楚材是元朝初年的人，而他的传记却编到了《元史》的下半部分，殊觉不伦不类。
正因宋濂等人修史过于仓促，且带有一定的政治目的。所以没有耐心地对元朝历史进行梳理和总结，导致整部《元史》的结构混乱、内容繁芜，读起来模糊不清，有着不能认识元朝历史全貌的严重缺陷。所以后来才相继出现了《元史新编》和《新元史》等史书，试图重新书写元朝历史。
