到了清朝，梁祝小说等陆续出现，梁祝故事情节在时间的洪流中有了部分改变，如清代绍金彪的《祝英台小传》，内容上已经有了“英台易男装游学”、“梁祝同读同宿三年”、“祭坟化蝶”等。
并且由文学转为戏曲，在民间频频出现，而不同的剧种因接受群体、表现手法不同，如闽剧《裙边蝶》、滩簧《梁山伯祝英台》中皆有祝英台与嫂子打赌的内容。
同样是马家下聘，川剧《柳荫记》、《英台骂媒》和京剧《柳荫记》等剧中均有丑陋的媒婆登场，而越剧中就没有；同样是梁祝殉情，有的是化蝶，有的是化鸟，有的是成仙得道等等。
不同版本故事或文学作品的出现，随之而来的便是各地的“梁祝墓”，按理说，只会有一座“梁祝墓”，是不会有如此多的合葬墓的。那么，究竟哪里才是梁祝故事的发源地，哪一座“梁祝墓穴”才是真的？
为了探寻梁祝故事的起源，以及“梁祝墓”的真正所在，专家对传说中的“梁祝墓”、梁祝遗迹进行了考证。
清康熙十一年《邹县志》记载：“梁山伯祝英台墓，在城西六十里，吴桥地方有碑”。通过考证，山东省济宁市微山县马坡乡于2003出土了《梁山伯祝英台墓记》，碑文上详述地记录了流传在微山县的梁祝故事，和梁祝墓重新修建的事。
清康熙以后，《清水县志》记载：“祝氏，讳英台，五代梁时人也。少有大志，学儒业，为男子饰。与里人梁山伯游，同窗三年，伯不知其为女郎。祝心许伯，伯亦无他娶。及成，归家，父母已纳马氏聘矣。祝志唯在伯，伯闻而访之。不得，而恚卒，窆邽山之麓。祝当子归，道经墓侧，乃以拜辞为名，默祷以诚。墓门突开，祝即投入，墓复合。诚千古奇事，邑人传诵不置，过者时有题咏云。”
按照文献记录，专家在清水县考证了“梁祝墓”，证实此地确实存在“梁祝墓”。此外，河南汝南、安徽舒城、河北河间、四川合川、山洞曲阜、江苏江都的“梁祝墓”等都进行了考证，每一个“梁祝墓”背后皆有相关证据支撑着“真实性”。
