另外在机器方面，E46 M3跟E46 M3 GTR也不一样，E46 M3采用的是3.2L S54B32直列六缸发动机，最大功率为252 kW（342 PS），最大扭矩为365 Nm。另外，CSL版M3为265 kW（360 PS），最大扭矩370 Nm。这台发动机采用的是多喉直喷供油，也就是这个发动机每个气缸由一个独立节气门供油，一个喷油嘴一个节气门，这样最大的好处就是进气效率高，高转进气量大。匹配6速手动、6速SMG-II半自动变速（半自动的意思就是，不踩离合器进档，但是换档还是要手动换档）。
再还有一个就是E46 M3 GTR采用的是4.0L P60B40 V8发动机，游戏里面的车声音就是来自这台发动机，这台发动机采用铝制缸体、铝制盆头。最大功率为331 kW（450 PS），该发动机升功率为82.8 kW/L，最大扭矩为480 Nm。数据上看确实是远远没有游戏的表现那么强劲的，但是这台机器这样的数据放在当年也是很厉害的数字了。更何况这台车还是采用狗牙变速箱！可以说，如果配合好的车手来开，比游戏的操作还猛如虎！
最后，我们再说说M3 GTR车型的由来。
2000年，E46 M3参加了美国ALMS（American Le Mans Series）GT级比赛，并在锦标赛中获得第三名。然而，直列六缸发动机被认为相对于保时捷996 GT3没有竞争力可言，因此宝马开始围绕一个更强大的发动机开发一台新的M3赛车。最终，E46 GTR赛车于2001年2月推出，采用本文所描述的4.0L P60B40 V8发动机。由于发动机比直列6马力M3版本更强大，GTR赢得了2001年美国勒芒系列GT级冠军。
