主角在离开通讯设施后由于天桥崩塌而逃入火星城废物回收设施，在这里他遇到了这一切的幕后黑手Betrugerh博士，如果此前听了Swann的话，Beetruger会说他可以亲自引诱地球的飞船来到火星上把恶魔带回地球，而选择听了士官长的话Betruger则会“感谢你让他少操一份心”。由于之前的爆炸引起泵机故障，整个实验室即将被毒气所覆盖，主角必须赶在毒气浓度*死他之前打开这里空气净化系统，当然他成功了。
到达德尔塔试验室后，主角并没有遇到士官长，但却从实验室中幸存的科学家口中得知，这里是UAC进行瞬间传送实验的地方。UAC的传送实验让他们知道了异世界的存在，Betruger博士在当时下令组织组织志愿者去异空间探险，并尽量带回生物标本进行研究，这项计划为UAC带来无法估量的“财富”，他们发现这个异世界就是“地狱”，而那些参与了实验的志愿者却一个个开始变得疯狂，直到死亡。Betruger博士自己也进入过异世界，虽然他没有像那些志愿者一样死去，但也和他们一样变得疯狂。接着他又将一个被称为“灵魂方块”的火星遗迹带到了地狱，这一行为造成了瞬间传送平台的稳定器失灵，地狱从异空间爆发，瞬间吞噬了火星城。
主角随后在追击Betruger博士的过程中被传送装置传送到了地狱，本以为他会尸骨无存，谁知他却从地狱中*了出来并带回了“灵魂方块”。回到实验室的主角遇到了受伤的Swann，特使告诉主角地狱恶魔们已经在地下深处创造了一个连接两个世界的传送门，他本来计划和Campbell一起去摧毁那个地狱之门，但是自己却遇袭受伤，Campbell只能独自前进。Swann提醒主角要提防士官长，并要求他完成任务。主角在火星城的中央服务器附近发现了奄奄一息的Campbell，他用最后的力气告诉主角士官长打伤了自己，随后主角便看到了已经变成坦克型的怪物的士官长。
在击败了士官长后，主角进入了地下遗迹，并知晓了关于这一场灾难的一切：在人类纪元之前，“Praeleanthor”（火星人）早已在火星上拥有了自己的宗教与科学，它们发现了跨维度旅行并以此研究出了传送门，结果却打开了通往地狱的大门。恶魔们很快通过传送门占领了火星，火星文明遭到毁灭。残余的火星人制造出了神秘的灵魂方块（Soul Cube），灵魂方块拥有极为强大的力量，火星人用此将恶魔们赶回了地狱，并关闭了通往地狱的传送门。火星人留下石碑，警告之后的任何人都不要尝试打开通往地狱的大门。后来人类在开发火星的过程中发现了石碑，UAC的科学家们利用石碑上的信息重新复制出瞬间移动技术，却没有及时解读警告信息，等到他们明白为何不能拥有瞬间移动技术的时候灾难已经发生了。
