soul cube
最后的决战在火星的地下深处展开，主角用灵魂方块击败了最终Boss——看守地狱之门的Cyberdemon，而灵魂方块自己也飞进了地狱之门并将其封闭。五天后，救援部队来了，他们带走了幸存的主角，发现了Swann的遗体，但是Betruger博士却不知身在何处。而在地狱的深处，Betruger博士已被恶魔同化，变成了一个翼龙一样的怪物，暗示着一切还远没有结束。
地狱入侵事件给UAC造成了不小的损失，因此在一段时间内根本没有与火星有关的计划。2146年5月1日，一颗卫星发现了火星城残骸附近的微弱的信号，于是UAC在8月8日再一次启动了火星殖民计划。先前被Betruger赶回地球的Elizabeth McNeil博士被任命为火星殖民地的首席科学家兼最高行政长官。
Elizabeth McNeil
McNeil派遣了一只小型探险队前往了信号的源头，探险队在此过程中发现了一间隐藏的密室，在进入密室时，队伍中的一名战斗工程师走在了最前面，而他也是本次的主角。在没有任何征兆的情况下，密室的大门自己打开了，密室中悬浮着一颗像是人类心脏的神秘物体。当主角用手碰到这个物体时，强大的能量波蒸发了队伍中除他之外的所有人，而在遗迹的另一处，一个地狱的传送门再次开启，火星殖民地再次沦陷。
已经变成怪物的Betruger博士让三个被称为“地狱猎人”的怪物去夺回被主角带走的神秘物体。指挥官MacNeil和主角取得了联系，命令他找回一块从火星人遗迹中的发掘出的石碑并带着它前往最近的考古实验室进行分析，找回石碑后，这个神秘物体的真实面目也浮出了水面。神秘物体的名字叫做“地狱之心”，是地狱恶魔们用来入侵火星的工具，而在主角与地狱猎人的战斗中发现地狱之心还拥有封印恶魔力量并使用它的能力。
