火卫一的基地中遍地都是被感染了的人类（那些从实验中消失的志愿者），主角浴血奋战*出重围，找到了火卫一基地中隐藏的瞬间移动平台，并被瞬间传送到了失踪的火卫二之上，原来火卫二并没有消失，而是被传送到了异空间。异空间中的敌人更为强大但依旧无法阻止主角前进的脚步，甚至就连强大的Cyberdemon和Spiderdemon也变成了主角的枪下亡魂。最后可能是因为主角太能折腾，地狱使用自己的力量打开传送门将主角传送回了地球。
Cyberdemon
Spiderdemon
DOOM2DOOM2的剧情紧接着DOOM1，我们的主角从地狱的传送门回到地球后发现这里早已地狱怪物侵占，为了保卫自己的家园，主角再一次拿起了枪。在和幸存者会和后，主角知道现在的人类已经打算放弃地球，用庞大的舰队逃往宇宙中去寻找新的出路。但是最后一个航天港口被恶魔占领，想要离开地球必须取得航空港的控制权。主角加入了他们，并在实施逃亡计划的过程中*掉了所有恶魔，最后还发现传送门的位置就在主角家乡。为了彻底终结恶魔的入侵行动，主角*进了传送门当中并*死了另一头准备大举入侵地球的恶魔援军，并发现了地狱最深处的“Icon of Sin”（地狱的分身）。
Icon of Sin
一场血战过后，主角*死了这个能不断召唤恶魔军队的东西，然后回到地球，并告诉人们可以准备撤离了，人类再一次获得了胜利，而传送门也被重兵把守着，恶魔已经没有办法通过传送门来到地球了。若干年后在更遥远的木星，人类建立了新的基地，可谁知地狱这次直接开来了地狱战舰进行入侵，木星基地瞬间沦陷。而身为战胜过地狱的存在，我们的主角再一次拿起了熟悉的手枪并踏上了拯救世界的道路.....
DOOM3超级企业“联合宇航公司（Union Aerospace Corporation，简称UAC）”在火星上建立了他们引以为傲的“火星城”，并在上面进行许多高精尖的科学研究。2145年开始，基地上的工作人员开始陆陆续续的申请调离此地，UAC董事会也收到了越来越多的对于火星城的*——天才科学家Malcolm Betruger博士（德语Betruger意思是“叛徒”）的举报。在此期间，火星城人员之间开始流传关于半夜出现的奇怪的声音、来历不明的震动以及大量具有强烈攻击和自虐行为的病人的传闻。为了调查此次事件，UAC公司派遣特使Elliot Swann和他的保镖Jack Campbell，以及游戏的主角——一位不知名的陆战队员来到火星城进行调查。
