9S因为受到了重伤，所以被2B送回地堡养伤。在此期间，2B继续执行任务，而9S则开始自我检查与信息同步。
9S在准备同步数据到地堡数据库时，发现了细微的信号干扰，9S由于好奇心入侵了地堡的数据库，并发现由地堡向月球发送的集装箱里有大量的空箱，他由此推测出来，人类在月球的信息或许是一个谎言。
9S被2B紧急呼唤，并没有与地堡进行数据同步，这为后面所有的寄叶人造人受到了逻辑病毒感染，但9S未曾感染埋下了伏笔。
指挥官向9S承认，人类存活在月球是一个谎言的事实，她要求9S自我进行判断是否要说出真相。
由后面的故事我们知晓，2B的真实形态是2E，而E型机器人的目的是为了处决背叛的人造人，而在过往的时光里9S多次被2B*死，或者自*。
因此我们可以看到在*死夏娃后2B对9S说的话是：“总是……这样。”
由此可以判定，即便指挥官告诉了9S真相，当9S向2B吐露真相时，也是2B再一次*死9S时。毕竟在过往的时间里，9S已经无数次发现了真相了。
同年6月，地堡几乎投入所有的寄叶型人造人发动对机械生命体的最后战斗。这场战斗在即将获得胜利之时，寄叶原型机9号在地堡服务器上留下的后门，早已被机械生命体发现，并在此刻发动了病毒攻击。因此所有与地堡数据库进行同步备份的寄叶人造人都受到了逻辑病毒的感染。
地面部队与地堡指挥部全部沦陷，指挥官在最后一刻祈求2B与9S存活下去，作为寄叶部队的最后的火种。
2B与9S在逃亡的途中，2B以假借突围的名义控制了9S的飞行机械，自己作为诱饵，让9S逃离包围网。
2B在最后也感染了病毒，并且在病毒完全侵占自己的身体前，她遇到了A2，她要求A2*死自己，以防止自己感染其他的人造人。A2答应了她的请求，并在*死2B后，自己剪掉了自己的长发以表达对2B的尊重。
9S在2B被*的那一刻赶到了2B周围，亲眼见到2B的死亡，因此对A2怀恨不已，至此9S的精神状态逐渐失常。
寄叶部队的地堡彻底毁坏后，毁灭都市的中心出现了机械生命体制造的塔。
同年8月，塔向宇宙发射构造物。
塔的目的原本是为了破坏人类在月球的服务器，夺取人造人的据点。
而作为机械生命体网络意识化的具体象征的红衣少女们，被人造人、亚当夏娃的生存之道所感染，她们开始思索存在的意义，最后改变了结论。
把原本发射的炮弹变为了方舟，封印愚昧的机械生物的记忆，将其送往新世界。
在塔楼顶端的A2与9S互相击*后一同死去，在死亡的最后模糊的意识里，存储在方舟里的夏娃向9S询问是否要一同离开此地，前往下一个新的世界。
9S同意后，他的记忆体便与方舟一同离开了地球。
