然后在菜单栏中选择"Region"→"Region Navigator",打开位置管理窗口后,按住"shift"键后同时选中两个位置,再点击"View",两个位置会在窗口中同时展示。再按照前面所说的进行排序,可以获得一样的展示效果。
08
显示所有reads
默认情况下,为了减少内存消耗,IGV会默认打开downsample的选项,即当一个区域内的reads过多时,只展示一部分的reads,而不是所有reads。
Coverage track下方如果有黑色虚线,表示这个区域进行了downsample,如下图。
如果看到融合区域有downsample的标记,且downsample情况下支持融合发生的reads比较少,可以尝试关闭downsample看一下是否有更多的reads支持融合发生。
在菜单栏中选择"View"→"Preferences",在弹出窗口中选择"Alignments"栏,去掉 "Downsample reads"勾选后点击"Save"。