故事主要讲的是中唐时期，一位名叫杨别的乡野少年，和他的父亲原本过着以捕鱼为生的平静生活，却无意间卷入了一场关于争夺《千金方》药典的医门内斗。在逃避仇人追*的过程中，杨别结识了一名叫作宛儿的女子，旅途中想方设法替她医治身体恶疾。
之后在经历了一场海上船难后，杨别流落到东瀛扶桑，又邂逅的一名叫作丽子的少女，还意外地看到了在马嵬驿事件中早已遇难的杨贵妃……
这是一个曲折离奇的故事，每一个环节都引人入胜，你甚至永远都猜不到下一幕会发生什么。故事的主要情节都集中在安史之乱中后期，那本就是一个兵荒马乱的荒唐年代，从东土大唐到东瀛扶桑，各种美轮美奂的地域场景和耳熟能详的历史人物如同走马灯一般轮番出现。
看样子颇有轩辕剑系列的风格，但如果单游戏里只有这些的话，那《天河传说》无疑是另外一个版本《天之痕》。
这款游戏之所以能够许多玩家留下刻骨铭心的回忆，在于它在描写庞大的历史背景和儿女情长之余，还深刻形象地描述了*和执着这两种人类情绪。这种情绪最直观的表述，便是天河了。天河是人类*的结合体，只要找到天河，便可以达成愿望。
因此寻找天河，这就是游戏的主线剧情。
主角团队每个人都有自己的想法和暗藏的*，游戏也看似给了一个圆满的结局，每个人也都实现了自己的愿望。
然而实际上由于*和执着的存在，每个人后都会频繁使用天河的能力，穿越回去越去寻找彼此，但最终导致命运彼此交错，造成另外一直意想不到的结局。
