影片开始前面也已经交代了，他们在菲律宾发现了哥斯拉同类达贡的化石遗骸，同时还有两颗孢子。
其中一颗已经孵化，前进的方向是日本，另一颗还未来得及孵化的被秘密带到了美国内华达州。
不久，孵化的那只顺利到达日本雀路罗市的核电站，并造成核电厂发生核泄漏，核电厂主管布洛迪和妻子想要解决危机但为时已晚，妻子被困在里面牺牲，布洛迪得以幸存，之后布洛迪和儿子福特相依为命。
福特长大之后从军，结婚也有了孩子。
布洛迪始终对多年前核电厂泄露和妻子的死耿耿于怀，他认为这并非人为或偶然，于是说服儿子福特，两人悄悄潜入雀路罗核辐射范围区，却发现短短14年间，这里几乎没有任何核辐射指数，一切都像没发生一样。
而这时布洛迪被军方以潜入禁区抓起来，并关在废弃的核电厂，在核电厂布洛迪发现被重新返修过，原来这里被帝王组织保存研究着孢子，负责这次研究的正是芹泽。
你说巧不巧，孢子破茧而出了穆托，它振起双翅飞离日本，布洛迪则在这场混乱中领了便当，只剩下了福特。
第二天，福特和帝王组织的人乘着航母离开，在那芹泽和薇薇安向福特解释了我前面说的怪兽时间线。
芹泽则相信，穆托的降临，势必会招引出要维持大自然平衡的哥斯拉的追*。
