之后帝王组织安排一架直升机给福特到夏威夷，以方便飞回旧金山的家。
而又一次你说巧不巧，诞生出来的穆托也在夏威夷作威作福，它利用EMP电磁脉冲让电子设备失灵，吞食了核潜艇的核弹，不过穆托这么做果然招引来了哥斯拉，两只怪兽开始了第一次的亲密接触。
穆托继续飞向美国，哥斯拉也追向美国，而且还有海军舰队紧跟其后。
在此前美国的那颗孢子，感应到了雄性穆托的召唤，也跟着孵化，雌性穆托体型更为庞大，开始对拉斯维加斯进行打砸。
自认为很聪明的军方想用核武作为诱饵，把这些怪兽都引到旧金山海湾，然后一并用核弹把它们消灭干净。
福特也加入进了运送核弹的过程，不料中途被雌性穆托攻击，雌性穆托吞食了多枚核弹。
在旧金山海湾这边，哥斯拉出现，但人类对哥斯拉还保持着最强的敌意，用尽武器对哥斯拉斯肆意攻击，情急之下军方开启了核弹倒计时装置，此时雄性穆托也在海湾攻击了运载的核弹的军舰，拿到了那枚核弹。
两个穆托在旧金山汇合，雄性穆托给雌性穆托贡献出一枚超大核弹，雌性穆托也选中了旧金山作为筑巢产卵的风水宝地。
