军方为了不让倒计时核弹爆炸，召集一群敢死队去拆弹，作为拆弹专家的福特也在其中。
他们从空中跳伞空降，并发现雌性穆托已经在产卵，而且核弹倒计时装置卡住损毁，倒计时还在继续。
小分队只能把核弹快速运离旧金山减少伤亡，在离开之前，福特面对成千上万穆托卵，一怒之下投掷炸弹，把穆托的巢穴烧光光。
此时哥斯拉也抵达旧金山，雌性穆托和哥斯拉开始大乱斗，显然雌性穆托很难和哥斯拉势均力敌，眼看就要败下阵来，雄性穆托加入了战斗。
三只泰坦巨兽为此展开猛烈的厮*，哥斯拉这时背鳍发蓝，口爆出原子吐息击退雌性穆托，然后再来一招蝎子摆尾直接把雌穆托甩狗带。
另一边，福特小分队把即将爆炸的核弹送到快艇上，结果被突然出现的雌性穆托袭击，为了护送核弹快艇，其他军舰对雌性穆托进行攻击，用生命来吸引雌性穆托注意。
正当雌性穆托全灭军队要拿到核弹之时，哥斯拉出现再次来灭*雌性穆托，只见哥斯拉温柔地掰开雌性穆托的嘴，直接把原子吐息送进了雌性穆托的嘴里，真好吃！好吃到爆！于是雌性穆托就裂开了。
战胜的哥斯拉仰天长啸，不过这时它也已经精疲力竭，吼叫完后就倒下了。
那枚倒计时的核弹也在远处爆炸，福特也和家人再次团聚。
第二天清早，哥斯拉重新雄起，人类开始对哥斯拉的评价两极化，有人对它嫉妒崇拜，有人对它的出现感到威胁。
