本作依然是基于前作开发，许多新系统都借鉴了系列第二作《火焰之纹章：外传》，例如自由分支的转职系统，双主角的大地图行动系统等等。
游戏在基础的大地图系统上，还追加了EX地图系统，EX地图是可以让玩家无限次数挑战的关卡。通过这个系统，玩家也能刷级培养角色，这在此后的几乎每一作都有类似的系统。
GBA平台《火焰之纹章：圣魔之光石》于2004年10月7日发行日版游戏，2005年5月23日发行美版游戏。本作MC平均分85分，fami通评分白金殿堂35分，截止至2004年年底，本作销量约为23万份。
重回家用主机平台《火焰之纹章：圣魔之光石》在内容上虽说略显偷懒，但是本作融合了GBA新《火焰之纹章》的特色系统，也结合了经典《火焰之纹章：外传》的部分系统，使得游戏整体来说可玩性很高。
总而言之，《火焰之纹章》GBA三部曲让这个系列成功渡过了主创加贺昭三离开的尴尬期。而成广通的低成本年货开发计划，也同时满足了玩家与任天堂的需求。
《火焰之纹章：圣魔之光石》是GBA《火焰之纹章》三部曲的最后一作，偷懒也是有原因的。其一是因为在扩展海外市场之后，本地化与移植工作也占据了Intelligent Systems开发工作的一部分。而其二则是因为除了本作，Intelligent Systems还在同时开发另一款系列续作。
接下来的这款续作并未计划继续在掌机平台上开发，而是决定重回主机平台——任天堂第六世代家用主机Nintendo GameCube之上。而NGC这款具有优秀3D性能的主机，也让《火焰之纹章》首次进入了3D化时代……
