某天，毛利侦探事务所接到了知名舞台剧女演员牧树里的委托，委托内容是牧树里收到怪盗基德预告信，信中指出怪盗基德将在舞台上夺取牧树里佩带的蓝宝石戒指，“命运的宝石”。于是毛利小五郎接受保护宝石的工作，基德假扮成工藤新一出现，柯南一方面必须保护宝石，另一方面又不能拆穿基德假扮的工藤新一。“命运的宝石”被保护住了，但在一片混乱之中基德逃脱了。牧树里为了表示感谢，邀请毛利侦探前往北海道函馆的别墅度假，同行的还有一同演出的其他演员。就在大家都搭上飞机前往函馆的机舱里，一幕精心设计的*人剧码就在大家面前实际上演了。柯南除了要防止基德再度混入人群中，又要解开发生在飞机上的密室*人事件…
95:34~ 95:49新兰，小兰的告白
9.水平线上的阴谋
15年前北大西洋的一艘货轮“第一八代丸”，撞上了前方巨大冰川发生事故沉没，船长和一名船上的高级干部不幸罹难身亡。15年后的现在，日本东京西多摩市的别墅密集区，八代财团旗下设计师八代英人开车的时候心脏病突发，结果车子不幸掉下山崖造成车毁人亡。谁也没想到，时隔15年且分别发生在海洋和陆地上的两起事故，会是一项重大阴谋的开始。
柯南、小兰和毛利小五郎受到园子邀请，与众多社会名流参加这豪华客轮的处女航。 然而没多久，船上出现了可疑分子，园子更遭到袭击被其监禁，幸运的是根据柯南的推理顺利找回了园子，正在众人欢欣鼓舞的时候，却发生了*人案件，紧接着八代财团的董事长，贵江的父亲八代延太郎也从船上神秘消失…… 于是柯南、毛利小五郎以及警方分别展开了各自的调查，与此同时，犯人也正展开他巨大的阴谋。 在柯南的努力下，真相即将被揭发时却突然发生了重大意外，犯人在整艘油轮的主要机房内都安置了炸弹，整个船身不停摇晃，让船员和乘客都惊恐万分，全船600条人命，就悬于疯狂的犯人一念之间。更糟糕的是，这次连小兰也被卷入了危险里面。柯南用他名侦探的推理救出了小兰，不过出人意料的是，这次掌握事件关键的，却使新一和小兰超越了时间的羁绊。
92:03 ~ 95:06毛利高光名场面
101:08 ~ 101:39柯兰名场面
10.侦探们的镇魂曲
一天毛利小五郎收到一张请帖，里面是谜样男子的委托，需要前往横滨的一个游乐场。小五郎和柯南一行人快乐地到达欢乐的游乐场，还带上了可以出入无阻代表VIP的手表，不料正中那名神秘男子的圈套。所有带上手表的人不得离开游乐场，否则便会发生爆炸。从现在开始到晚上十点，柯南和小五郎如果不能解开谜题，兰和少年侦探团也会随着游乐园粉身碎骨。其他侦探们与柯南一同挑战谜题，当所有人同时努力调查敌人的真面目时，危机不时展露眼前，时间一分一秒地逼近，敌人同时无赖地设下最后一道陷阱。然而更意想不到的是，那名男子居然直接称呼柯南为工藤新一。
11.绀碧之棺
东京都，高木和佐藤抓到了两个抢劫犯，犯人说出了海盗旗三个字。画面转到了神海岛。毛利小五郎因为抽中了30万日元的奖金，原本想一个人去巴黎玩。但是最后只好带了兰、园子、阿笠博士和少年侦探团一行人来到了这个小岛。 这个小岛有沉入海底的古代遗迹，海底宫殿和300年前确实存在的Anne Boney和Mary Read两个女海贼遗留下来的宝藏的传说。
少年侦探团在岩永的建议玩寻找宝藏的游戏。 另一边兰和园子去潜水，想去看海底宫殿，此时同行的男子死亡。与此同时博物馆传来两个女海盗的手枪和弯刀被盗的消息。柯南调查时发现两个寻宝人在偷盗物品后遭人狙击。台风来临，少年侦探团们的寻宝游戏中的暗号也终于都被解开，柯南在民宿主人美马的帮助下也去了赖亲岛，去救兰和园子。以此开启了一系列故事。
94:43 ~ 95:00柯兰
96:38 ~ 97:13柯兰名场面
105:16~ 106:18新兰回忆
12.战栗的乐谱
