不久之前发生了以音乐家为袭击目标的连续*人事件，被害人均出身于原著名钢琴家领衔创建的一所音乐学院。柯南等一行人，受到了这位钢琴家的邀请，出席由他出资建造的音乐厅的落成典礼音乐会。音乐会的亮点是巴赫弹奏过的管风琴和世界著名的斯特拉迪瓦里琴的音色，以及拥有绝对音感的天才歌手的歌声。可是，在音乐会正式举办前，陆续发生了许多可疑案件。而正式演出当天，柯南他们所在的音乐会会场突然发生了爆炸，陷入一片火海。
86:06~89:56 奇异恩典,新兰回忆
13.漆黑的追踪者
以东京为中心发生了6起连环*人案件。除目暮警部外，还有各县刑警和小五郎参加了调查会议。令柯南意想不到的是，他发现一位会议上的刑警进入了一辆跑车里。“那辆车……难道是，琴酒的？”“黑衣组织”中的一人潜入了调查会议，并乘琴酒的车逃走了。连续*人案件是“黑衣组织”搞的鬼吗？危机一触即发！如果让琴酒知道工藤新一还活着的话，不仅会危及新一，还有柯南身边的人。意识到事情危险性的柯南独自开始调查。
94:35~ 96.42兰的名场面(打斗&躲子弹)
96:42 ~ 104:22柯南和组织的追逐战
14.天空的遇难船
铃木园子的叔叔次郎吉不甘心失败，决定再次向怪盗基德发出挑战。这位坏脾气的大叔斥巨资制造了巨型的飞船贝尔·雪利二世号，并以镶嵌有名贵宝石“天空的贵妇人”的戒指作赌注，邀请基德前来挑战，看他能否在东京到大阪的这6小时时间内完成这项困难的任务。柯南、小兰等人理所当然也接到邀请，甚至电视台的人也兴师动众前来。随着时间的流逝，双方的对决悄悄展开。另一方面，恐怖组织红色暹罗猫也登上了飞船。此前不久，红色暹罗猫袭击了国立东京微生物研究所，并盗走一种致命的病毒。
95.21 ~ 96:33、100:28 ~ 101:35基德和兰的名场面
15.沉默的15分钟
五年前为了建造水坝，新潟县的北之泽村被沉入了湖底，村民们在附近重建了家园继续生活。在重建五周年的纪念活动上，人们又纷纷聚集到了一起。犯人果真会在他们之中吗？柯南在调查过程中，偶遇了五名男女，他们是时隔八年才重新聚首的儿时玩伴。
八年前交通死亡事故的阴影，对建设水坝的不满，至今仍让嫉妒与怨恨在他们的心中纠结不清。紧接着，在那场交通事故同日，在去看天鹅的途中不慎坠入悬崖的“少年”冬马在昏迷了八年之后终于睁开了眼睛！随着冬马关于事故当日的记忆逐渐恢复，危险也步步逼来。果然在儿时玩伴的五人中，一人已命丧黄泉！黑影也在逐渐逼近少年侦探团！冬马当年究竟看到了什么？留在他记忆里的真相究竟是怎样的？地铁爆炸犯的下一个目标又将是什么？大规模的灾难向这个水坝边的小镇袭来。
97:30 ~ 103:00柯兰名场面
16.第11个前锋
