柯南与少年侦探团和灰原一起观赏着足球比赛。同一时刻，毛利侦探事务所接到了预告大规模爆炸的电话。像是在挑衅小五郎一般，路上的汽车在眼前爆炸。为阻止接下来的爆炸，需要解读犯人留下的神秘暗号。小五郎、小兰和目暮警部一起在米花市内来回奔波，却被暗号戏弄，完全找不到线索。即使被逼到绝望的状况，也不会放弃解决案件的柯南，却在爆炸的气浪中，让犯人逃跑了。
嫌疑人是足球选手、支持者、俱乐部老板、媒体业界……都是和足球界有很深关联的人。柯南推理出犯人是有计划性的，为了阻止下一次爆炸，他开始独自调查。但下一个目标在哪里？犯人究竟是谁？犯人为什么盯上了小五郎？柯南成功地解读了挑战书中隐藏的暗号，但同时了解到了“某件事”。那是被布置在这起案件中的恐怖阴谋。
100:01 ~ 104:35少年侦探团&柯南名场面
109:20~ 109:55柯兰名场面
17.绝海的侦探
明明是一场叫人叹为观止的对空作战演习，却被突如其来的一只断臂打破了高科技宙斯盾舰的巨大魄力所带来的震撼。瞬间，恐慌代替惊喜，笼罩着宙斯盾舰。不安、猜测接踵而来，盘旋在小兰和少年侦探们的脑海中，危险正在步步紧逼。
即便海上自卫队已经冷静迅速的稳定事态的发展，却始终未探明敌人的真实身份和真正目标。接着各种异常事件也随之而来。大阪府警乘坐直升机赶来，与京都当地的同侪协作展开调查。期间，神秘女性自卫队成员藤井七海也登上了这艘宙斯盾舰。
当一连串离奇事件背后的始作俑者逐渐现出了原形后，当平次与小兰等人的生命遭受威胁之时，柯南将再一次发挥自己强大的推理能力，运用自己聪明的脑力，协助海上自卫队保护日本民众免受一场战争的灾祸。
95:56 ~ 104:25新兰名场面
108:58 ~ 109:18平和
18.异次元的狙击手
铃木财团巨资营建的铃木塔举行了盛大的开幕典礼。柯南一行人自然受邀参观。谁知一名游客突然被远处建筑发射来的子弹狙击身亡，柯南锁定凶手果断展开追击，然而对方胆大非常，公然炸毁拦截他的警车，在重重包围中脱身而去。在此之后，FBI和日本警方组成联合调查总部，经朱蒂介绍得知，嫌疑人很可能是原美国海豹突击队狙击手蒂莫西·亨特。战功显赫的亨特曾经获得过银星勋章，但是后来被战友指控违反交战原则，射*了手无寸铁的平民，此后他更在战场上遭遇影响毕生的创痛，人生也彻底跌入低谷。此番他以神秘狙击手的出现，显然是想想那些毁灭了他的人生的人们复仇。狙击事件接连而起，全东京陷入莫大的恐慌之中。
99:25- 10533冲矢昴(秀一)，柯南，兰的打斗
19.业火的向日葵
在纽约拍卖会现场，全世界的大富豪汇集一堂，竞拍国际名画，这便是原本应该在日本被烧毁的梵高名画《向日葵》。铃木次郎吉以远高于他人的价格3亿美金将此画拍下，他的目的是集齐散落在世界各地的7幅《向日葵》，以此能在日本举办史无前例的大规模展会。这则梦幻大新闻向全世界播出的同时，柯南与小兰也津津有味的看着转播，当正要征集专门保护《向日葵》的7人护卫队“七大武士”的时候，怪盗基德突然出现，撂下了“一定会将此画夺走”的宣战预告。就在此时，在一片*动的会场上出现了追随基德而来的高中生侦探工藤新一的身影。不久之后，在载有《向日葵》的客机飞往日本的途中在空中遭受到了基德的突然袭击，围绕独一无二的珍宝，谎言与真实交织的艺术推理剧拉开序幕。
101:48 ~ 105:50柯南落水
20.纯黑的噩梦
