《魔法禁书目录》主要讲的是在一个完全架空的世界，主角上条当麻偶然遇到“禁书目录”茵蒂克丝，魔法与科学交织，故事由此展开。
上条当麻：学园都市lv0（无能力者），其右手寄宿的“幻想*手”是世界的基准点，有着能够恢复世界的能力。他只知道他的右手能消除一切超能力或者魔法，对其实质并不知情。在不断地战斗中领悟到了能够提前看出超能力或魔法轨迹的“前兆感知”，故事之前失忆过一次，疑似被亚雷斯塔洗过脑，性格好的异常，救茵蒂克丝时被魔法击中头部再次轻微失忆。
亚雷斯塔：全名亚雷斯塔·克劳利，黄金时代的魔法师，被追*后一直逃命，后被冥土追魂所救，两人一起创建学园都市，开发超能力。因之前女儿变成了魔法的祭品，亚雷斯塔一直想*掉所有的魔法师包括自己，学园都市里上条当麻，一方通行，御坂美琴等大部分人的所有活动都在他的计划中的一环。后被清教罗拉·斯图亚特偷家，自己用魔法将一直重叠着的60亿分身全部进攻魔法势力，形成一股恐怖的克劳利灾潮。
一方通行：本名未知，疑似铃科百合子。学园都市lv5（超能力者）排名第一，能力名为矢量操控。因找自己单挑的人太多而参加了绝对能力实验（lv6实验），想成为闻风丧胆的无敌的人。实验内容为*死两万个御坂美琴的克隆体，在进行第10032次时被御坂美琴和上条当麻打败。之后救了掌控着所有御坂克隆体命的御坂20001号（最后之作），自己脑袋也被打中一枪，失去运算能力的他只能借助御坂网络来使用能力和日常。后来查清楚lv6实验的真正目的加入暗部，历经千辛万苦破解了抢来的羊皮卷，破解了小御坂最后之作的病毒，同时开启白翼与大天使炮中和。后来在克劳利灾潮事件中使用魔法成功跨越了深渊，亚雷斯塔死后他接任学园都市理事长。
斌面仕上：学园都市lv0（无能力者），没有任何特殊能力。在一个名叫“道具”的暗部打杂。在暗部大战中，名叫”学校“的暗部抓到了道具落单的成员芙兰达，导致情报泄露，道具被“学校”偷袭。“道具”首领麦野沈利（lv5）落荒而逃，之后内部矛盾，芙兰达被麦野腰斩，斌面为救成员泷壶理后与麦野为敌，千钧一发的反*麦野。泷壶和滨面之后被整个学园都市高层追*，斌面带着泷壶开飞机逃出了国。多次经历战场，在亚雷斯塔计划中应在
