朱见深首先赦免了于谦的儿子于冕。于冕回来后，上了一道疏，请求朝廷为父亲于谦平反。朱见深亲自过问这件事情，恢复了于谦的官职，颁发诰文说：“当国家多难的时候，（于谦）保卫社稷使其没有危险，独自坚持公道，被权臣奸臣共同嫉妒。先帝（朱祁镇）在时已知道了他的冤屈，而朕实在怜惜他的忠诚。”
此外，朝廷还将于谦的故居改建为“怜忠祠”，以资纪念。
这是明朝第一次正式为于谦平反。
1487年，明宪宗朱见深去世，他的第三子朱祐樘继位，是为明孝宗。
明孝宗朱祐樘继位的第二年，大臣孙需建议，继续给于谦平反。朱祐樘同意了，追赠于谦为特进光禄大夫、柱国、太傅，谥号“肃愍”，并在位于西湖的墓旁建造旌功祠堂，题为“旌功”，由地方官员在春秋两季进行拜祭活动。
朱祐樘如此评论于谦：“（于谦）气禀刚明，才优经济，兼资文武，茂着声猷，当皇祖（朱祁镇）北狩之时，正国步难危之日，乃能殚竭心膂，保障家邦，选将练兵，摧锋破敌，中外赖以宁谧，人心为之晏然，回銮有期，论功应赏，不幸为权奸所构，乃陨其身，舆议咸冤。”
这是明朝第二次正式为于谦平反。
有了这两次平反，于谦虽然已经死了30个年头，但他的声誉不管是官方还是民间，都臻于顶峰。
这还不算完。1590年，明神宗朱翊钧（万历皇帝）又将于谦的谥号改为“忠肃”。“忠肃”比“肃愍”高了好几个档次。朝廷还在于谦的“怜忠祠”中立于谦塑像。
到了清朝时期，于谦依然得到了官方的认可。清朝官方编撰的《明史》，称赞于谦“忠心义烈，与日月争光”。当时，于谦与岳飞、张煌言因为都安葬于西湖，被大家称为“西湖三杰”。
1751年，乾隆皇帝巡视江南期间，为于谦亲笔题写匾额“丹心抗节”。
在顺治年间，于谦的“怜忠祠”和塑像曾经被损毁。到了光绪年间，朝廷又进行了重建。
【参考资料：《明史》《于忠肃集》等】
