明孝陵鸟瞰图 杨征 摄
从内红门沿着御路一直向前，到方城前的“升仙桥”处，方城明楼及两侧的八字影壁便呈现在眼前，颇为壮观。升仙桥再向北，穿过方城的门洞便到了坟冢山前，由此转向两侧，可沿着登城梯道攀登至方城之上。方城上是重檐歇山顶的明楼，在这里远眺，孝陵一带的建筑、山形水系，尽收眼底。值得一提的是，在方城门洞一进门的右侧，还有1926年国学大师章炳麟和好友李根源、徐兰墅在游览明孝陵之后的“涂鸦”：一块城砖上用篆体字写着“民国十五年八月二十九日余杭章炳麟、滕冲李根原、崇明徐兰墅同谒孝陵记于隧中”，共34个字。
从陵寝规制的变化上，孝陵继承了唐宋时期帝陵的“献殿”或“上宫”，即享殿以及方城、明楼和宝城围合而成的坟冢院，不过，孝陵是把以前皇陵的“回”字形格局改变为南北向、前方后圆的格局。孝陵还取消了唐宋帝陵的“下宫”，即修造在陵寝“上宫”周边的宫殿建筑群，其内有专门值守的宫人，每天要按照墓主人在世时的标准，侍奉墓主人的饮食起居。这也就是顾炎武所谓“明代之制，无车马，无宫人，不起居，不进奉”。
孝陵陵宫整体俯瞰 杨征 摄
蜿蜒的神道
除陵宫以外，孝陵最为引人注目的当属神道及其两侧的石像生。这些石像生总体上可以分为两段，第一段起自于孝陵神功圣德碑碑亭（即俗称的“四方城”）西北侧，总体呈西北走向，长618米，其间布置石兽六种，共十二对，二十四件。六种石兽依照出现的顺序依次为狮子、獬豸、骆驼、大象、麒麟和马。
过了石马之后，就是第二段，它从西北方向改为南北向。有说法认为，这段路是为了绕开孙权的墓。当年朱元璋的手下大臣建议把孙权的墓迁走，朱元璋回复道：“孙权亦是好汉子，留他守门。”于是乎这座不高的名为梅花山的土丘（据传为孙权墓所在地）也就成为了孝陵南侧的朝案山。不过，还有观点认为，神道的设计要尽量避免“直来直去”。
第二段神道及石像生，是以一对精美的石望柱作为开端。望柱之后，是两对神情各异的武将和文臣，这四对石人和前面的石兽一起，组成了象征皇帝大朝时的仪仗队伍。这段神道尽头是棂星门，原已毁，仅存石柱础六个，近年来仿照明长陵的棂星门进行了复原。过了棂星门，神道折向东北，直抵孝陵陵宫的御河桥。
神道上的石骆驼 杨征 摄
当年，到孝陵的朝拜者，由南京城的朝阳门（今中山门）出城，一路向东来到一座名为“下马坊”的石牌楼（民国时被拆除，新中国成立后异地重建，将牌楼竖立在原位置以北20米处），就进入到了孝陵的区域。从石坊向西北行，便来到了陵园的总入口——大金门，这也是后世明清各处帝陵的总入口——大红门的鼻祖。如今大金门顶部已毁，根据明十三陵以及清东陵、清西陵大红门的规制推测，原有建筑应是单檐庑殿顶。
孝陵大金门（左）和神功圣德碑碑亭（右） 杨征 摄
进入大金门后便是孝陵神功圣德碑碑亭。该石碑的石材开采于南京的阳山山麓，但因碑材体量巨大（总高度78米，重约3万吨）而作罢，至今该碑仍然废弃在山中。后来最终竖立在孝陵的石碑，相较于阳山的石碑缩小了不少，上面的文字为永乐皇帝亲自撰写，全文达两千余字，记述了朱元璋一生的功绩。朱元璋在世时曾为自己的父母陵寝撰写过碑文，并要求后世子孙继承他的这种做法。不过孝陵之后，只有位于北京昌平的明长陵有神功圣德碑，嗣皇帝为先皇撰写碑文的传统，只延续了两代便告终结。
清末孝陵被摧毁殆尽
孝陵的守卫，在明代时，陵区外主要依靠孝陵卫，陵区内则是神宫监负责。其中孝陵卫有士卒五千六百名，此后稍有增减，有指挥使、指挥同知以及指挥佥事等官职。神宫监则为南京守备太监直辖，设太监、左右少监、左右监丞、典簿等官职，负责孝陵的香火、洒扫、种植和饲养等事情。明代，无故闯入陵寝，要受到“杖一百”的责罚；谋毁山陵建筑，偷盗陵寝内神御物等，都是大逆的罪过；偷盗陵园内的树木，都要遭到杖、徒甚至斩刑；在陵园外围墙二十里以内取土石、开窑烧造、放火烧山或是盗*陵园内的鹿，则要视其情节轻重判处相应的刑罚。
到了清代，对于前朝皇帝的陵寝便没有那么上心了。首先是孝陵周边的树木遭到毁灭性砍伐，很多数百年的老树都被砍伐殆尽，甚至孝陵陵宫内的建筑也遭到了不同程度的破坏。太平天国运动时期，孝陵因为处在南京城外，是清军和太平军拉锯战的重要战场，陵宫主要木结构建筑被摧毁殆尽。
同治年间清廷欲重修明孝陵，经过估算总计约需白银二十万两。该数目经过曾国藩的调整，控制在了十二万两以内，可当时已经千疮百孔的清帝国根本拿不出这笔维修费。几经拼凑，最终孝陵的修缮，只用了七百四十余两白银。
新中国成立后，党和政府高度重视明孝陵的修缮和保护。数十年来，金水桥、文武方门、东西井亭以及神道棂星门、陵宫内红门等建筑先后得以复建，部分重要建筑也得以修缮。
贤内助“慈孝”马皇后
值得一提的是，有人认为明孝陵的“孝”，来源于朱元璋“以孝治天下”的理念，但大多数人比较认可的说法是，“孝”的得名与马皇后的谥号“慈孝高皇后”有关。明孝陵也是朱元璋和马皇后的合葬陵寝，他们相濡以沫的故事被人们广为传颂。马皇后，民间常称她为“大脚马皇后”，在那个年代，没有缠足的女人往往会被人嘲笑轻视，但她却用善良与慈爱在青史上留下了痕迹。
当朱元璋被郭子兴禁闭在空屋中即将饿死的时候，她冒着生命危险偷偷将刚出炉的炊饼带给他，藏于胸前的热饼子烫伤了她的肌肤，她却依然如故。陈友谅进攻龙湾时，她捐助自己所有的首饰财物劳军，并组织妇女为军队缝补衣物。即使在大富大贵后，她也保持了原来简朴的作风，不骄不奢，并劝告朱元璋不要忘记民间的疾苦。在用人上，她也提出了自己的见解——“愿得贤人共理天下”，被朱元璋引为至理名言。
更难得可贵的是，马皇后在关键时刻敢于进谏。在朱元璋要*朱文正、李文忠、宋濂等良士时，她几次出面晓之以理动之以情，劝告朱元璋要以大局为重。当然，马皇后也不会出面硬刚，而是顺势而为。朱元璋的义子李文忠守严州的时候，杨宪诬告他有不法行为，朱元璋听闻便要将其召回诛*。马皇后从朱元璋的角度陈说临阵换将的危害，而不是一上来就为李文忠求情。朱元璋听从了马皇后的建议，后来李文忠果然立了大功，朱元璋也对马皇后更为信任和依赖。
马皇后患有重病时拒绝医治。她对朱元璋说：人的生死是由命运决定的，医生只能医病，不能医命。如果让医生为我医治，服药无效，陛下一定会降罪于医生，这是我不想看到的。
