大家都知道柯南的真实身份其实是高中生侦探工藤新一，被琴酒灌下了毒药缩小了身体 。那么剧中除了阿笠博士和小哀之外，还有谁知道柯南的真实身份呢？
服部平次在《福尔摩斯迷*人事件》中，柯南用麻醉针把服部麻醉后，用变声器利用服部的声音来说出真相，但其实说到一半服部就醒了，但还是配合柯南说完了真相。在案子结束后，服部就揭穿了柯南，但是关于柯南就是新一的事，他帮柯南保密了。后来他们还成为了很要好的朋友，经常一起破案！
贝尔摩德和新一妈妈有希子是多年的好友，她看过新一小时候的照片，所以很容易就知道了柯南就是新一。但是她却没有选择上报组织，我想因为在纽约新一和小兰救过假扮*人魔的她。她称柯南为能够射穿组织心脏的银色子弹。
他父母知道柯南身份是博士告诉他们的。而且他妈妈还扮成一个叫江户川文代的女人把柯南领走跟新一爸爸一起把柯南耍了。这集中可把柯南吓了个半死，以为他们是黑衣组织的人呢！不过，我觉得就算博士不告诉他们，以新一爸爸的超高推理能力和对儿子的了解，想必也会很快发现柯南的身份！
在剧场版《世界末的魔术师》中，基德扮作白鸟任三郎的模样，无意间听到了柯南跟博士的电话内容，就开始怀疑柯南了。然后在结局时小兰问柯南的真实身份时，基德为了报答柯南救了他鸽子的情义，扮成新一给柯南解了围。
秀一假死扮成冲矢昴的时候经常出入毛利侦探事务所。像他那么聪明的人，肯定早就有所怀疑了。在工藤优作未解决事件里，秀一发现了使用变声器的柯南，这么明确的证据，想秀一这样高智商的人肯定是知道了的。
明美是小哀的姐姐，组织承诺让明美完成银行10亿抢劫的任务就让她们姐妹俩脱离组织，后来组织却不想兑现承诺，一心只想置她于死地，在临死的时候柯南赶到，明美告诉了柯南关于组织的事，柯南也向明美表明自己的真实身份就是工藤新一。
