尽管以爱情为主题，但王家卫将《花样年华》这么一个发生在1960年代香港上海人聚居区的邻里故事，设定为悬疑类型：男女主角在故事开始时同是受害者，观众跟随他们展开调查。而王家卫还借用希区柯克《后窗》中的结构，让邻居在其中发挥了重要作用。就故事灵感而言，《花样年华》还来源于日本小说家小松左京的一个短篇故事，以及香港作家刘以鬯的《对倒》。
看过《花样年华》的人，可能都会对张曼玉饰演的苏丽珍穿着各式各样旗袍的美丽风姿印象深刻，它也为影片奠定了一种摇曳、顾盼生姿的风格。但事实上，在该片美术指导张叔平的设定中，片中旗袍所要达到的效果反而是“一种俗气难耐的不漂亮”，“以前的上海人爱面子，不管家境多不好，出去见人总要风风光光的，苏丽珍应该就是这样一个打扮俗艳的女人：外表夸张虚饰，心里实有许多弱点和冲突，更加要这些旗袍做得花花绿绿。”
众所周知，王家卫拍电影鲜少有完整剧本，因此在《花样年华》历时15个月的断断续续的拍摄中，情节走向和人物塑造一直处于摸索中。
据梁朝伟透露，拍摄初期，男女主人公周慕云和苏丽珍二人是比较近似于“奸夫淫妇”的，比如二人会肆意在大街小巷游玩和就餐。影片公映后曾被曝光的四大被剪段落中，在那个编号2046的旅馆房间里，二人就本想尝试“越轨”，但一句“你不像我老公，我也不像你老婆”让气氛戛然而止；之后，生病的周慕云对苏丽珍说出了自己不愿意回家的原因：怕自己对她情难自控；再之后，苏丽珍一句“我今晚不想回家”，二人终于踏出了那一步……
而这个回合还出现了很多轻松情节，比如二人还曾经开伙做饭，过起了“夫妻”日常生活，但油烟遭到了酒店服务员的抗议，甚至在周慕云某日拎着一只活鸡上楼时矛盾终于爆发。食物其实在这部电影中占有重要地位，在拍摄《花样年华》时，王家卫对“上海生活”着迷到了一定程度，甚至根据母亲的回忆，为房东太太和苏丽珍专门设计了食谱。
另外，这个删减场景中还有被广为流传的二人在旅馆房间里大跳60年代摇摆舞的片段。
