康熙年间，洪熙官一直不满清廷统治，不料师兄马宁儿被朝廷收买，洪熙官全家悉数被害，虽然*了马宁儿，可洪熙官和儿子文定早已无家可归。洪熙官父子与江湖行骗的红豆母女碰巧寄住在当地富商家中，闹出不少笑话。少林突遭朝廷屠戮，为防宝藏被朝廷夺取，主持将藏宝图纹在五个孩子后背，并告知洪熙官一定要保护这几个孩子。怎料马宁儿未死，更是变成了浑身是毒、刀枪不入的怪物，他携大队人马*向了五个孩子。洪熙官父子与其展开了大战。
《新少林五祖》兼顾了喜剧和动作元素，李连杰耍起夺命锁喉枪可谓行云流水，而计春华饰演面容溃烂的马宁儿吓坏了不少观众，王晶灵光乍现出演的方世玉，更不要提邱淑贞惊为天人的盛世美颜了，这形色各异的人物贡献了不少看点，至今看来《新少林五祖》不失为一部娱乐佳作。
