一直以来都在找寻存在意义的“水手”自然不能放过这样的线索，于是他利用潜水钟带着这个男孩潜下海底，进入了这个神秘的海底城市。
不过刚刚进入海底城市后两人立即就被那里的守卫逮捕了，原来卡洛斯是擅自逃离出来的，他和一些人无法忍受海底城市封闭的空间，于是便偷走了“基地”的潜航器到来到水面上欣赏他们从没见过的景色。不巧却遇上了一群劫掠者，潜航器和其他人都被劫掠者俘虏，只有卡洛斯逃了出来被“水手”救下。如今那些劫掠者可能得知“基地”的位置后，可以利用潜航器进入“基地”，卡洛斯是急着回来向自己的同伴报信的。
另一边，劫掠者是一个叫做“利维坦之子”的邪教组织，他们的头目自封为海洋之神利维坦的化身，宣称对所有海中的事物拥有主权（也是电影中“机动团”的真正老大）。在逼迫几名俘虏讲出了他们真正的藏身地之后，“利维坦”决定带领他的手下进攻海底城市，把那里据为己有。
被守卫逮捕之后，“水手”见到了“诺亚”博士，她向“水手”简单介绍了城市的情况。
