遇到敌人进入战斗画面后，玩家可以选择正面迎战或逃跑规避，后者有一定几率失败而且BOSS战不能逃跑，只要输掉一场战斗即宣告游戏结束，玩家自上次保存点以来的所有进度都将丢失，并且会被送回标题屏幕，甚至没有机会再次尝试本场战斗必须读档。本作角色众多且职业差异很大，每个人都有不同内容的战斗指令选项。
最后就是暂停菜单画面，可以在主世界或城镇地牢画面访问，玩家可以使用物品、管理队员的装备和能力、查看他们的统计数据、更改游戏设置、保存进度等。当年的游戏并不像现在来到检查点自动保存，前面提到战斗风险很大，所以你要养成经常保存的习惯。
史克威尔在《最终幻想4》中开始使用主动时间战斗系统（Active Time Battle，简称ATB），本作延续了这个系统，每个角色都有自己的行动槽，填充速度取决于角色的速度属性，攒满之后就可以选择动作指令，包括普通攻击、施放魔法、使用物品以及角色独有能力等。游戏的战斗画面仍然是传统的左右两列隔空互砍，和系列传统作品一样，各种魔法在战斗中有着重要作用，包括直接伤害、治疗、正面负面状态等。玩家团队获得战斗胜利后，会获得经验值、金钱、道具等。
游戏中丰富的物品装备让玩家有了充分的自由定制空间，头部、身体、左手、右手多个位置都有多种选择，除了基本的武器和防具外，最重要的就是遗物（Relics）。每个角色可以同时装备两个遗物，从而获得额外的能力加成，包括远程攻击100%命中的狙击瞄准具、50%几率反击物理攻击的黑带、避免受到背后攻击的警报耳环、在城镇和地牢中的步行速度翻倍的冲刺鞋等，让玩家在战斗和冒险中获得巨大帮助。
