刺客教团的终结
13世纪，尼扎里派仍然在各方势力之间长袖善舞，就连最“白莲花”的医院骑士团也多次请求刺客帮他们做一些见不得人的活儿。双方的最后一次官方交往记录发生在13世纪中叶，尼扎里派敏锐地意识到从东方而来的蒙古人绝不是善茬，希望联合十字军与穆斯林共同对抗这些不速之客，但遭到拒绝。
随着尼扎里派的屏障花剌子模帝国被蒙古人所灭，伊朗高原的尼扎里派本部也被蒙古洪流所淹没。针对蒙哥汗的刺*以失败告终，甚至可能只是谣传。当然，就算刺*成功也无法阻止蒙古人的步伐。1253年3月，成吉思汗之孙统帅五个万人队出现在了哈桑的故乡，凡是被蒙古人攻陷的城堡，都不会留下任何活物。
1255年，末代伊玛目鲁肯丁·胡尔沙（Rukn al-Din Khurshah）即位，此时的尼扎里派已如风中残烛。
蒙哥汗
胡尔沙知道自己没有胜算，希望通过政治妥协，来保存教派香火。蒙古方面的回答很干脆，伊玛目必须亲自访问旭烈兀的大帐，以表示彻底的臣服。同时，蒙古大军加速进攻，兵锋直指阿拉穆特堡。
胡尔沙十分卑微地承诺愿意交出除阿拉穆特和兰穆萨尔以外的所有城堡，甚至愿意把自己8岁的儿子送给蒙古人为质。但有些地方的领主自行其是抵抗，削减了大汗的耐心。胡尔沙有自己的顾虑，他希望保存至少几座主要城堡作为尼扎里派的立足之地，而旭烈兀则要求他必须完全臣服。这就已经决定了胡尔沙和尼扎里派的命运。
1256年11月，旭烈兀亲自包围胡尔沙所在的梅蒙迪兹城堡，参与围城的工匠甚至还有汉人。“回回炮”的狂轰滥炸摧毁了胡尔沙的抵抗意志。19日，胡尔沙出城投降，残余守军在塔楼的最高处全部战死。12月底，阿拉穆特堡投降。由于城墙过于坚固，蒙古人费了大劲才将防御工事完全摧毁。
阿拉穆特图书馆付之一炬，无数古籍善本就此失传，包括尼扎里派的自述史书。后人研究尼扎里派，不得不从其他国家的文献中调查。一年时间，波斯本部尼扎里派的全部军事力量被蒙古人碾碎。
由于胡尔沙未能有效命令剩余城堡放弃抵抗，其全家几乎被灭门。蒙古人还设法诱骗数万名尼扎里派信徒参加“和平集会”，然后将他们斩尽*绝。蒙古人逢城必屠，叙利亚和波斯的尼扎里派教众被*者在10万人以上。整个组织架构被摧毁，残存人员四散而逃。
尼扎里派作为一个独立的政治派别，就此湮灭于历史尘埃。
不过，故事仍然没有结束。一些尼扎里部众坚守孤城，部分城堡甚至坚持到1270年。9年后，地球另一端的钓鱼城也宣告陷落。尼扎里派扎根于基层的优势体现了出来，松散的抵抗从未间断，胡尔沙的儿子甚至还短暂夺回过阿拉穆特堡。
尼扎里残党在山区打游击，一直与伊尔汗国周旋到14世纪，坚持到后者崩溃。残余的尼扎里部众在伊朗中部的安朱丹村（Anjudan）重建了教派中心，一直活跃到15世纪。从这个角度来说，蒙古人的确消灭了那个以刺*见长的尼扎里政权，但尼扎里教派却仍然存在。而且广泛存在于波斯、中亚、印度一代，他们永远放弃了“老本行”，变成了纯粹的宗教组织。
1830年，波斯国王赐封第46代尼扎里伊玛目为“阿伽汗”（Aga Khan 意为尊贵的）。阿伽汗一世后辗转来到印度孟买，但本地的伊斯玛仪分支霍加派拒不服从他的领导，双方官司一直打到孟买最高法。法院从中亚借来各种历史文献，认定这位阿伽汗一世的祖先是阿拉穆特堡首领，法蒂玛王朝的正统伊玛目。最后判定阿伽汗一世胜诉，在法律上确认了他是无可置疑的伊斯玛仪派尼扎里分支的精神领袖。
1936年，阿伽汗一世的重重孙，沙阿·卡里姆·侯赛因（Shah Karim al-Husayni）出生于瑞士。其家族显赫毋需多言，卡里姆王子就读于哈佛大学，主修伊斯兰历史。1961年接替其祖父成为尼扎里派的第49任伊玛目，也就是阿伽汗四世，他现在仍然活着。
曾经穷得吃土、东躲西藏的尼扎里派祖先不会想到，他们的子孙，这位阿伽汗四世资产估值约为133亿美元，是世界上十五位最有钱的皇室贵胄之一。经过他们的努力，今天的尼扎里-伊斯玛仪派是仅次于“十二伊玛目”的什叶派最大的分支。
曾经最极端的尼扎里派，今天成了最开放的伊斯兰派别之一。尤其强调种族、民族、文化和宗教间的多元共存，以及祖先追求的社会公义。阿伽汗四世竭尽所能保护世界各地的教众的物质和教育需求，启动和推动了许多社科项目。在巴基斯坦建立了国际阿伽汗大学，着力研究生物医学。在印度和非洲国家建立了面向基层的卫生保健中心，推动伊斯兰文明现代化。阿伽汗四世的长期目标，还包括消除全球贫困，促使宗教多元化，提高妇女地位，研究与保护伊斯兰艺术和建筑遗迹等等。
