除了游戏粉的不满，还有很多人因为剧情和特效等因素弃剧。客观来说，这部剧剧情比起现在很多古装剧都要好，但是在当时那么多优秀电视剧神仙打架的时代，这部剧被说剧情差是可以理解的。轩辕剑之天之痕的男主陈靖仇是典型的成长型男主，一开始是废柴，武功差、也没有过人的智慧，甚至一开始还跟胡歌饰演的反派宇文拓称兄道弟。人设看起来就一般，主要是他的感情线看着真的很乱，面对感情犹犹豫豫。
作为大地皇者，他和女娲后人小雪是命中注定的一对。但是在跟挞拔玉儿相处的过程中，他不知不觉被她吸引，爱上了她。可是陈靖仇没有选择直面自己内心真正的想法，没有告诉玉儿他喜欢她，还一直吊着小雪，真的有点让人无语。
抛开陈靖仇的感情线，我们再来看剧情，这个剧情跟仙剑三有一点相似，都是主角团降妖除魔拯救苍生。剧中以陈靖仇为主的一行人走在一起都是为了上古五神器，传说上古五神器威力巨大，于是他们都想得到女娲石、神农鼎、崆峒印、昆仑镜和伏羲琴这五件神器，但是他们的目的却不相同。
男主陈靖仇是陈国最后一个皇子，从小由师傅陈辅带大，师傅教他武功和知识，就是为了让他集齐五神器，*了杨素和隋炀帝杨广，复兴陈国。
而女主挞拔玉儿是挞拔族的公主，她有一个姐姐和父亲。在胡歌饰演的宇文拓手持轩辕剑，想要消灭挞拔族夺取神器神农鼎时，玉儿的姐姐挞拔月儿为了救父亲伤到了双腿，从此不能行走。于是姐姐和玉儿爱的人张烈成亲了。
