植物们虽然把水给搞富营养化了，可是把氧气释放到了大气中，于是凭借出水吸氧，肉鳍鱼挺过了这次大灾难。如今，我们仍能在腔棘鱼身上找到可以直接呼吸氧气的原始肺，与它的鱼鳔共存，这说明腔棘鱼在那段缺氧的时期里使用过空气中的氧。
泥盆纪的灭绝为肉鳍鱼家族清理干净了竞争者，并赋予了它们另一种呼吸方式，而肉鳍鱼的另一个优势开始展现，它长肉的鱼鳍具有更高的驱动性，能让它们在淤泥里爬行。
渐渐地，一些调皮的肉鳍鱼偶尔会爬出水面捕食岸上的昆虫，为了追击猎物还得在岸边挣扎爬行。这一过程极大强化了肉鳍鱼的四个鱼鳍，于是它们上岸的时间越来越长，爬行的距离也越来越长，最后完全奔向了陆地，肉鳍鱼也成为了现今所有陆地脊椎动物的祖先。
由于腔棘鱼的身体在进化过程中已经积重难返，无法再进一步登陆上岸，最终留在了水里，与我们的祖先自此分道扬镳。
二叠纪末大灭绝前面说到，腔棘鱼渡过了生命中的第一次灭绝——泥盆纪末大灭绝，并幸运地熬死了自己最大的竞争对手盾皮鱼类，然而命运再次与它开了一个玩笑，在过了几千万年安稳生活后，一场凌驾于所有灭绝之上的巨大灾难即将到来，这就是这个生物史上最严重的二叠纪末大灭绝，一举毁灭了全球95%的物种。
腔棘鱼生活在水里，它并不知道此时地球上的陆地已经连成了一片，史称“盘古超级大陆”，各大板块互相挤压，造成了剧烈的火山活动。终于有一天，板块们被挤得受不了了，距今约2.5亿年前，在今天四川峨眉山地带发生第一波强烈的火山熔岩爆发，史称“峨眉山暗色岩事件”。
这场喷发并没有影响到海洋里的腔棘鱼，但别急，峨眉山的火山只是这场灭绝的序曲。就在发生900万年后，西伯利亚的超级火山喷发，史称“西伯利亚暗色岩事件”。这一次比泥盆纪末还要严重，二氧化硫的浓度达到历史新高。不仅全球变冷，还降下了酸雨，随后二氧化碳又代替二氧化硫，气候变暖，全球的洋流陷入混乱。
风浪卷起了海底的沉积物，海洋里的微生物疯长，海洋里的氧气被榨干，空气中又是浓厚的有毒气体，腔棘鱼呼吸哪里的空气都不行。
这段黑暗的时期也给地球留下了最丰富的资源，我们现在的化石能源煤、石油等，大部分都形成于二叠纪末，自此，地球结束了古生代，带着仅剩的物种，进入了中生代，腔棘鱼就是这幸存的5%，与恐龙的祖先和哺乳动物的祖先一起开启了新时代。
三叠纪-侏罗纪灭绝二叠纪大灭绝后，生命没有绝迹，以恐龙为代表的的爬行类很快崛起并占领了大量的生态位，地球步入了三叠纪，但对腔棘鱼来说厄运还没有完。二叠纪末的灭绝肃清了海洋生态，陆地上的爬行动物抓紧时机，代表脊椎动物重返海洋。
