元代水系图
到了明清时期，白浮瓮山河断流，自西山下泄之山洪或泉水进入北旱河，以及玉泉山的泉水沿北长河过青龙闸在安河桥与北旱河汇流，成为清河的上游河源。《昌平山水记》云：清河“其水出玉泉山，分流而北迳此，又东汇于沙河入白河。“
清康熙四十五年，清河漕运开通，称做会清河，启水磨闸，历沙子营到通州石坝止。翌年，在清河镇建了用于为守卫北京北部的八旗兵储备军粮的皇家粮仓——本裕仓。由温榆河到本裕仓，清河是大运河的漕运一脉。这些储备军粮，就是通过清河漕运运输。
清代的清河
民国时期河道失修，使河边土地成为涝洼地。
新中国成立后，政府组织海淀、朝阳、昌平沿岸村镇疏浚清河，兴修水利。
１９６６年，京密引水渠建成，密云水库的水通过京密引水渠进入昆明湖，再通过北长河，进入北京市区，同时也为清河开辟了新水源。
１９７８年——１９８５年，清河被“裁弯取直“，河道得到大规模治理。
清河
２０００年——２０１２年，清河河道进行整治，沿线新建清河、肖家河、北苑三座污水处理厂，清河水质等到改善。
２０１３年——２０１９年，完成了肖家河污水处理厂、清河污水处理厂升级。新建清河第二再生水厂，还清河碧水，塑生态绿廊。
２０１９以后，又沿清河沿线建设环境优美、舒适的滨水慢行系统，让“市民伴着河流骑回家“。
舒适的滨水慢行系统
水清岸绿的环境为动植物提供了良好的栖息地。同时也为沿线市民提供了一处集休闲、慢跑、骑行、和观光为一体的城市滨水空间。
