第一，大产权房有五证，受法律保护，有完整的产权。小产权，是没有五证的，当然是不受法律保护的，只有部分产权。通俗了说，就是大产权有房产证，小产权是没有房产证的，只有乡镇给发的证件或合同；
第二，大产权拆迁有补偿，但是如果是小产权的话，是没有拆迁补偿的。也就是说，如果政府要拆迁房子的话，小产权业主基本上不会得到拆迁安置补偿；
第三，大产权房的房屋质量往往能够得到保证，而小产权房屋质量是没人监督的，往往容易存在安全隐患，而且除了房屋质量和房屋售后保修难以保证以外，入住后的物业管理也是极容易出现问题的；
第四，大产权房是可以抵押或转卖的，而小产权房由于没有正规的产权证，不能作为抵押或上市转卖。而且小产权房不能在房地产管理部门登记备案，所以不可以办理抵押等他项权利，也就是说，买小产权房是不能进行贷款的，只能一次性支付全款。
还有一种房子，虽不是小产权，但买受主体是受限制的---购买宅基地，只能在集体间流转，比如你是本村户口可以购买，如果你不是本村户口购买了，以后升值了或拆迁，对不起，跟你没有关系。轰动一时的通州宋庄画家村事件就是因为宅基地买卖而让大批画家蒙受了不小的损失。
小产权房，交易时要特别注意，风险存在比较大，因为属于违法建筑，如果遇到政府拆迁或者征用，是很难确保自己的合法权益受到保护的。国土资源部多次重申小产权房不得通过不动产登记合法化！并且用来一次性付全款的金额足够付大产权房的首付了，那何不选择大产权房，即安全又有保障。
