▲西班牙总督辖区划分，上秘鲁被分在拉普拉塔总督辖区
此外，西班牙还将秘鲁总督辖区的领土一分为二，西部海岸的阿塔卡马沙漠地区的安托法加斯塔也同时划给了上秘鲁。
秘鲁总督辖区变成彼此不相连的两个部分。这为日后玻利维亚、秘鲁和智利的争端埋下隐患。
拉巴斯因为交通位置的重要性，丘基萨卡因为是上秘鲁的行政中心，两座城市成为了上秘鲁的两个中心城市。
二、苏克雷成为首都上秘鲁地区源源不断产出的矿产，并没有给当地带来繁荣。大批金银反而是流到了西班牙王室，西班牙王室成为了欧洲最富裕的王室之一。
此外，在西班牙在美洲的殖民地，社会结构充满了各式各样的不公，不仅包括土著人在内的其它种族备受歧视，连土生白人地主贵族也遭到宗主国的歧视。
1776年爆发的北美独立战争和1789年的法国大革命，将自由平等的思想带到了南美。
在土生白人的带领下，南美爆发了独立战争。19世纪初，上秘鲁的丘基萨卡和拉巴斯爆发了反抗西班牙的起义，但遭到了镇压。
▲玻利维亚独立战争
1804年，欧洲爆发了拿破仑战争。西班牙和葡萄牙1807年加入了反法同盟，遭到了法国的报复。
1808年，拿破仑越过比利牛斯山脉，占领了葡萄牙和西班牙。1812年，趁西班牙被占领的机会，南美再次掀起了抗击西班牙统治的浪潮。
其中，南美北部的新格拉纳达总督辖区在首领玻利瓦尔、苏克雷的领导之下，南部的拉普拉塔总督辖区以圣马丁为领导。
▲玻利瓦尔、圣马丁行军路线
北部的玻利瓦尔解放了新格拉纳达的昆迪纳马卡（哥伦比亚）、委内瑞拉、基多（厄瓜多尔），建立“大哥伦比亚共和国”。
南部的圣马丁解放了拉普拉塔的阿根廷、秘鲁的南部飞地智利。
▲已从西班牙独立（红圈）和未独立的秘鲁、上秘鲁
1820年，圣马丁的军队从智利瓦尔帕莱索出发进军利马。1821年7月，圣马丁的军队占领利马，宣布秘鲁独立。
新格拉纳达和拉普拉塔几乎被全境解放。只剩下秘鲁总督辖区的北部、以及拉普拉塔总督辖区的上秘鲁地区。
尤其是秘鲁境内依然盘踞着大量西班牙殖民军队，利马随时面临着被西班牙重新占领的危险 。
秘鲁的命运成为事关南美独立运动成败的关键。
玻利瓦尔和圣马丁都希望成为秘鲁和上秘鲁的解放者。因此，掌握领导权成为了两人矛盾的焦点。
1822年7月，为解决领导权问题，两人在瓜亚基尔（厄瓜多尔）会面。此次会面之后，担心失去拉普拉塔地区领导权的圣马丁，放弃了秘鲁的领导权，将领导权交给了玻利瓦尔。
