▲日军占领新几内亚岛
二战后期，随着日军败绩已显现，荷兰、澳大利亚恢复了对于巴布亚新几内亚的主权。
二战后，澳大利亚为其赋予了“巴布亚新几内亚领地”（海外领地）的新名称。
巴布亚新几内亚领地成为了海外领地，即殖民地。
澳大利亚是欧洲移民建立的国家，其政治体制是欧洲政治体制的复刻版。巴布亚新几内亚领地的社会结构依然以土著当道。澳大利亚的制度和巴布亚新几内亚领地的制度是完全不兼容。
▲巴布亚新几内亚岛的土著人
澳大利亚对当地的统治是派行政长官管理，行政长官长期被澳大利亚的白人占据，当地的土著完全无法担任行政长官，依然是殖民统治。
二战后的澳大利亚实行了斯彭德计划，即”南亚和东南亚联合发展的计划“。
该计划实施，意味着亚裔等非欧移民的门槛逐渐降低。澳大利亚的白澳政策逐渐走向尽头。
但澳大利亚对于本土土著居民以及巴布亚新几内亚领地的歧视依然存在。加上新旧制度的不兼容，使得巴布亚新几内亚领地和澳大利亚之间冷不丁地军事冲突不断。多数当地人依然饱受战乱的困扰。
因此，独立建国成为了巴布亚新几内亚领地的共同心愿。
新几内亚岛西部，也就是荷兰占领区的情况甚至比东部更加恶劣。荷兰二战后重新占领了印尼群岛。荷兰对印尼的殖民统治引起了印尼人民的反抗。
1949年，荷兰承认印尼独立。但拒绝将新几内亚岛西部交给印尼。
▲1949年印尼（红色）独立时，领土不包括新几内亚岛西部
此外，印尼虽然民族成分众多。但无论是主体民族爪哇人还是第二大民族巽他人都是马来人，属于广义上的黄色人种。新几内亚岛的居民是棕色人种。
印尼的主体居民信仰伊斯兰教，新几内亚岛的居民主要信仰基督教。种族、宗教的巨大差异，荷属新几内亚的民众不愿意加入印尼。
印尼独立后一直奉行大印尼主义，即使包括马来群岛、西巴布亚（新几内亚岛西部）都是印尼的一部分。
▲大印尼主义
二战后民族解放运动浪潮推动下，荷兰于20世纪50年给予了新几内亚岛西部自决权。1961年，荷属新几内亚岛独立。
1962年8月15日，印尼军队入侵新几内亚岛西部，1963年，印尼正式宣布兼并西巴布亚。1969年，印尼正式宣布将西巴布亚纳入版图。
