但是在进行精确计算之后，发现锂元素的丰度仍与理论的预测有所出入，而且这种出入还是增大的，当前的观测结果是比理论预测值能多出几个超新星爆炸能带来的锂元素。
但是在大爆炸模型中，一颗超新星能够生成两个质子，因为其能量密度高达10的12次方焦耳每立方米，这对于宇宙天文体来说，是比较巨大的。
而且大爆炸模型在二元强子湮灭过程中，会释放能量，这两者基本处于一个相对平衡状态。
但是反物质在大爆炸模型中却没有这样的限制，随着大爆炸的继续进行，反物质产生的能量也会不断的增加，因为它们之间并没有什么可以平衡的，从而说明，大爆炸模型的理论可能存着很大的瑕疵。
那么在人们进行对比之后，宇宙中其实没有很多的反物质，并不是我们生活的宇宙中没有反物质，而是已经与正物质粒子接触湮灭掉了，所以大爆炸模型丝毫没有解释其不成立的可能。
那么伴随着对大爆炸模型观测数据的完善，科学家们又发现了一个大大超出了大爆炸模型的所能解释的内容。
那就是，大爆炸后，宇宙中不能总是维持和当时保持的比例一样，随着宇宙的演化，所以遗留下来的质量，必然和大爆炸过程中生成的质量一样，在大爆炸模型中所预测的质量大约只有普通物质总质量的四成，但是目前来看，宇宙中的质量是平均值的四倍，那么产生这么大的差距就说明，宇宙中还存在有别的物质，这样才能和宇宙大爆炸之后没被湮灭掉的反物质进行平衡，从而说明，暗物质才是解决大爆炸模型的不完美的最好方法。
并且大爆炸模型还存在着一个很大的矛盾，那就是宇宙的加速膨胀现象，而大爆炸模型在最初设定了往外急速膨胀的条件，并且这个膨胀还是未来预期会变慢，但是事实并不是这样。
虽然在宇宙初期的时候，膨胀是一个逐渐下降的，但是膨胀速度却是不断上升的，并且还是一种加速膨胀的状态，这正是科学家们认为存在着暗能量，但是暗能量又是什么?
它又是如何和物质反物质一样，存在于大爆炸模型中，并没有被当时的物质湮灭掉呢?
它还可能存在着一些广义相对论的问题，因为大爆炸模型所假设的宇宙形状是相当简单的，就是一个每条线都是直线的宇宙，而根据大爆炸模型所推出的关系，宇宙的早期密度和宇宙的曲率是必须足够小的。
