黑格尔可以说是西方哲学史上具有自觉的体系思想并提出了最完整严密的哲学体系的哲学家，尽管他的体系从整体上说是不科学的。他在《小逻辑》导言中说：“哲学若没有体系就不能成为科学。没有体系的哲学理论，只能表示个人主观的特殊心情，它的内容必定是带偶然性的。
哲学的内容，只有作为全体中的有机环节，才能得到正确的证明，否则便只能是无根据的假设或个人主观的确信而已。”诚然，体系只是哲学成为科学的必要条件，不是充分条件，同时不成体系的哲学可能有个人主观的看法，但未必没有科学的正确的观点，但是他强调体系的重要性仍然是很有意义的。
不仅如此，他还提出了构建科学体系的基本原则，并努力加以贯彻，虽然他的努力不很成功。他构建体系的基本原则是很著名的，那就是正反合的三段式，而且他创造了一个哲学史上绝无仅有的从“有”开始终于“绝对精神”的大大小小由正反合“圆圈”构成的庞大体系。
他的《哲学全书》就是对这个体系的全部内容的叙述。他的体系呈现一个圆圈接着另一个圆圈、大圆圈套小圆圈的整齐划一的图景。按照他的说明，这些圆圈都不是封闭的，而是螺旋式上升的，因而才能形成一串圆圈，甚至最初的范畴“有”与最后的范畴“绝对精神”也不是封闭的，“绝对精神”不过是充分展现了的“有”，“有”不过是还未展开的“绝对精神”。
但是，这个如此整齐划一，似乎完整严密的体系只是形式上的，尽管其中包含十分丰富的辩证法思想，而牵强附会、自相矛盾的地方也不少，其内容从总体上说是不科学的，然而黑格尔构建体系的基本原则正反合三段式中包含的合理思想十分宝贵，马克思、恩格斯、列宁均予以肯定，今天对于构建科学的哲学体系仍然具有重要意义。那么，其中的合理思想是什么呢？概括一下，大致有以下几点：
第一，哲学范畴和原理不是纯思维形式，而是有实际内容的思维形式。黑格尔虽然坚持大陆理性主义哲学传统，认为哲学原理应该像数学定理那样由逻辑推演来证明，但又明确反对把哲学范畴和原理看成与现实世界无关的纯粹思维形式，坚持认为它们是有实际内容的，这实际是承认哲学是世界观，是关于现实世界的观点。
他的这种说法是针对他的《逻辑学》的范畴和原理，如有与无、质与量、本质与现象，等等，它们既然是有现实内容的，它们就必须有现实的根据而不能仅仅靠逻辑推演来证明，这样黑格尔就给哲学开辟了一条通向科学从而通向现实世界的通路，给思辨哲学的樊篱打开了一个大大的缺口。
第二，哲学体系形式上是一个演绎过程，实质上是对科学和科学史、认识和认识史的总结和概括。黑格尔的体系呈现出一个正反合圆圈环环相扣的推演过程，实际上每个范畴和原理都有大量科学事实作为根据。黑格尔在《逻辑学》的各节正文内都是抽象地论证，绝不涉及事实材料，而把事实材料放在附释内。
因此费尔巴哈曾嘲笑他把事实材料都“放逐”到附释中去了。而且大家知道，黑格尔的《逻辑学》的第三编概念论中许多内容都直接涉及外部世界，如机械性、化学性、生命等，至于他的《自然哲学》、《精神哲学》就更不用说了，讨论的大多是自然界和人类社会的问题。他的《哲学百科全书》不是一般的百科全书，即由多种基本学科构成的学科总汇，而是“百科全书哲学”，即百科的总结和概括。
第三，哲学体系的展开应该与历史一致，历史包括客观的历史和认识的历史。黑格尔是一个绝对唯心主义者，绝对观念决定一切，归根到底是历史与思维一致，但按其体系的内容与具体论述过程来说，他的绝对唯心主义实际上表达了客观世界及其发展规律的最后决定作用，蕴涵了列宁后来讲的逻辑与历史一致的思想。
这一思想是辩证唯物主义的精髓，最早蕴涵在黑格尔哲学之中，后来为马克思与恩格斯所继承与发扬，列宁把它明确地表达出来。我们可以先看一下黑格尔的《哲学百科全书》的体系。这个体系的第一部分是《逻辑学》，如果以逻辑与历史一致的原则来要求，就认识史说，它是可取的，但就客观历史说，其中大部分哲学范畴都属于抽象思维，很难说有时间上的先后。
第二部分才是《自然哲学》，这意味着自然界来自抽象思维，这当然是很荒谬的，但就局部而言，它倒是大致反映了当时自然科学所达到的对宇宙发展的认识水平，如他提出的从机械性、化学性、生命，到精神的顺序，但其中看不出社会的发展。
黑格尔的《精神哲学》主要研究人的精神，只在个别地方谈到社会，而且把社会问题也归结为只是人（个人）的问题，这也反映了当时处于萌芽状态的社会科学的水平。黑格尔关于逻辑与认识史一致的思想是很明确的，他的《逻辑学》中哲学概念的排列多次引起列宁的关注，他在他的《哲学史讲演录》中明确谈到这一思想。
他说：“历史上的那些哲学系统的次序，与理念里的那些概念规定的逻辑推演的次序是相同的。”在他看来，每一个哲学体系都是一个哲学范畴，如巴门尼德的体系是“有”，赫拉克利特的体系是“变化”，等等。这些哲学范畴在现实世界中，即在时间的推移中当然说不上先后，但人类对它们的认识是有先后的。还有一点也应该指出，这种一致不可能丝丝入扣，只是大体一致，因为历史中存在大量偶然性。
第四，逻辑与历史一致的原则表现为从简单到复杂、从抽象到具体。逻辑指的是一个思想体系中的基本范畴、原理的逻辑顺序，即思维逻辑。作为一种思维联系，它应该与客观历史和认识史一致，而不是相反，历史与逻辑一致。黑格尔作为绝对唯心主义者是主张历史与客观逻辑一致的，虽然其中包含了主观思维与客观规律一致的合理思想。
黑格尔的哲学体系的逻辑推演表现为简单、抽象的范畴、原理向较为复杂、具体的范畴、原理过渡的过程，他认为最初的范畴、原理是最简单、最抽象的，最后的范畴、原理是最复杂、最具体的。有是最简单、最抽象的范畴，绝对精神是最复杂、最具体的范畴。有是毫无内容的、最空洞的，绝对精神是无所不包的、最丰富的。
第五，推动范畴、原理不断向更复杂、更具体范畴、原理前进的动力是范畴、原理的内在矛盾关系。黑格尔自认为他的体系的展开是一个逻辑的演绎过程，但他又认为这个过程不同于一般形式逻辑的推论，而是辩证逻辑的推演，即按照对立面的统一的公式不断前进，呈现出正题1→反题1→合题1，合题1就是正题2，于是出现第二次正反合，如此前进，以至无穷。
这就是黑格尔的否定之否定，或称三分法、三一体、三阶段论。显然，三分法包含了矛盾运动，这是普遍的，而三阶段并不普遍，黑格尔的体系硬把许多范畴、原理强纳入否定之否定框架中，许多地方牵强附会，例如机械性一化学性一目的性、生命一认识一绝对理念、艺术一宗教一哲学等三段式都是难以自圆其说的。
如果予以合理的解释，其中确实蕴涵着科学的东西，那就是矛盾运动。矛盾运动呈现出阶段性、重复性，但不一定只重复一次，只表现为三段，事实上是多次重复，表现为多段。在黑格尔看来，辩证法的核心是否定之否定；在列宁看来，辩证法的核心是对立统一规律。列宁的观点是他唯物主义地改造黑格尔的否定之否定的结果。
